Сразу же после начала испытаний опытных образцов «объекта 688» специалистам стало ясно, что шасси новой БМП может стать универсальной базой для целого семейства бронированных гусеничных машин легкой категории по массе.

БМП-ЗК. Одной из первых модификаций БМП-3 стала командирская машина БМП-ЗК (ведущий инженер проекта — А.Б. Витвинов). Эта модификация используется в качестве командирской машины в мотострелковых (мотопехотных) и танковых бригадах, полках и батальонах. От базовой модели отличается тем, что в ней в десантном отделении оборудованы рабочие места для штабистов, место для радиста, а также установлены дополнительные средства связи. Рабочие места оборудованы складывающимися столиками и подсветкой для ведения штабных карт. Сокращен боекомплект, для обеспечения на стоянках средств связи электропитанием имеется дополнительный силовой агрегат.

БМП-ЗФ. Одним из вариантов БМП-3, предназначенным для эффективного использования машины при действиях на море и в прибрежной зоне стала боевая машина пехоты БМП-ЗФ. На этой модификации исключена система самоокапывания и увеличен волноотбойный щиток. Машина тем самым получила лучшую уравновешенность по дифференту. Машина, помимо двух мощных водометных движителей, оснащена телескопической воздухозаборной трубой. Все это позволяет БМП-ЗФ двигаться на плаву со скоростью 10 км/ч при волнении до 3 баллов и обеспечивает возможность стрельбы при волнении до 2 баллов. Впрочем, как показала практика эксплуатации БМП-3, эта машина может успешно решать задачи на плаву и при волнении, значительно превышающем 3 балла. Машина уверенно выходит на берег при уровне прибойной волны в 3 балла. Непрерывное нахождение машины в воде возможно в течение 7 часов при работающем двигателе. Конструкция БМП-ЗФ дает возможность при эксплуатации на воде буксировать однотипное изделие, двигаться на буксире за однотипным изделием и морскими рейдовыми катерами. Все машины БМП-ЗФ оснащаются прицелом ППН «СОЖ».

Продольный разрез БРЭМ-Л «Беглянка» (БРЭМ-Л ТО).

Боевая разведывательная машина БРМ-ЗК «Рысь» (объект 501). БРМ-ЗК изготовлена на узлах и агрегатах БМП-3 на Рубцовском машиностроительном заводе (РМЗ) и в 1995 году была принята на вооружение.

По сути это совершенно другая машина, хотя и очень схожа с БМП-3 по шасси. БМП-ЗК имеет стальной броневой корпус оригинальной конструкции, который по конфигурации только напоминает БМП-3. РМЗ имел отличное бронекорпусное производство, но в отличие от Кургана оно не было реконструировано под производство алюминиевых корпусов. Защита корпуса не ниже, чем у БМП-3. Двигатель УТД-29, гидромеханическая трансмиссия с гидрообъемным механизмом поворота (не как некоторые авторы писали «гидравлическая трансмиссия»), бортовые передачи, водометы, полностью заимствованы с БМП-3. Ходовая часть имеет более существенные отличия, блочная (модульная) конструкция подвески заменена на традиционную. Балансиры установлены на подшипниках скольжения, изготовленных из сополимера. На БМП-3 подшипники балансиров игольчатые, по типу танка Т-80. В подвеске отсутствует механизм изменения клиренса.