По мнению ученых, Юнтоловский заповедник – один из уникальных «осколков» естественных ландшафтов в черте крупного города, коим является Петербург. Озеро Лахтинский разлив, являющееся ландшафтообразующим комплексом, представляет собой залив лиманного типа. Южная и юго-восточная часть озера, соединяющегося узкой протокой с Финским заливом, занята мощными зарослями тростника и другой водной растительности, а по берегам сохранились элементы приморских топей. К северу от Лахтинского разлива располагается Лахтинское болото – крупнейший в Европе охраняемый болотный массив в черте мегаполиса. Лесной массив образован преимущественно заболоченными березово-сосновыми лесами. Таким образом, на относительно небольшой территории Юнтоловского заказника сохранились типичные формы ландшафта, характерные для приморской равнины в историческом прошлом и продолжающие жить своей естественной жизнью.

Петербургская общественность уже давно бьет в набат: существование Юнтоловского природного заповедника под угрозой! В результате работ по углублению дна Финского залива были уничтожены Крестовская и Собакина отмели – главные места стоянки птиц, а изъятым грунтом засыпаны прибрежные топи. В середине ХХ в. на Лахтинском разливе останавливались на пролете стаи гусей, тундряных лебедей, лебедей-кликунов и тысячи особей других видов водоплавающих птиц. В результате углубления дна Лахтинского разлива значительная часть мелководий водоема была утрачена, а вместе с ними исчезли места кормежки для водоплавающих птиц. Численность мигрантов, останавливающихся на отдых на акватории заказника, сократилась в десятки раз, снизилось число и состав видов гнездовой орнитофауны века.

Ученые еще в начале ХХ в. предлагали объявить территорию Лахтинской низины заповедником, однако статус регионального комплексного заказника она получила только в 1990 г. Здесь, несмотря на проведение осушительной мелиорации и торфоразработок, до наших дней сохранились различные типы болот, лесов, природные комплексы мелководий, встречаются редкие виды растений, а во время осенних и весенних миграций по Беломорско-Балтийскому пролетному пути собирается большое число птиц, в том числе водоплавающих – лебеди, гуси, утки. Заказник включен в Международную сеть прибрежных охраняемых территорий.

Об угрозе Юнтоловскому заповеднику стали говорить еще в конце 1980-х гг., когда городские новостройки стали подходить к нему все ближе. В ходе строительства новых кварталов засыпали верховье Черной речки, бравшей свое начало неподалеку от Лахтинского разлива в озере Долгом.

Однако в 2000-х гг. ученые вновь подняли тревогу: с восточной стороны вплотную к заповеднику подошли кварталы новостроек и промышленных зон Приморского района. Соответственно, усилилась антропогенная нагрузка на его территорию. Как отмечают специалисты, отсутствие охранной зоны вокруг заказника поставило под угрозу существование последнего природного ландшафта юго-восточной части Финского побережья. Кроме того, через Юнтоловский заповедник должна пройти трасса Западного скоростного диаметра (ЗСД). Экологи считает, что это также может пагубно отразиться на природной среде.