Наконец Архиепископ Геннадий открыл ересь в Новегороде: собрав все об ней известия и доказательства, прислал дело на суд Государю и Митрополиту вместе с виновными, большею частию Попами и Диаконами; он наименовал и Московских их единомышленников, кроме Зосимы и Дьяка Федора Курицына. Государь призвал Епископов, Тихона Ростовского, Нифонта Суздальского, Симеона Рязанского, Вассиана Тверского, Прохора Сарского, Филофея Пермского, также многих Архимандритов, Игуменов, Священников и велел Собором исследовать ересь. Митрополит председательствовал. С ужасом слушали Геннадиеву обвинительную грамоту: сам Зосима казался изумленным. Архиепископ Новогородский доносил, что сии отступники злословят Христа и Богоматерь, плюют на кресты, называют иконы болванами, грызут оные зубами, повергают в места нечистые, не верят ни Царству Небесному, ни Воскресению мертвых и, безмолвствуя при усердных Христианах, дерзостно развращают слабых. Призвали обвиняемых: Инока Захарию, Новогородского Протопопа Гавриила, Священника Дионисия и других (глава их, Алексий, умер года за два до сего времени). Они во всем заперлися; но свидетельства, Новогородские и Московские, были несомнительны. Некоторые думали, что уличенных надобно пытать и казнить: Великий Князь не захотел того, и Собор, действуя согласно с его волею, проклял ересь, а безумных еретиков осудил на заточение. Такое наказание по суровости века и по важности разврата было весьма человеколюбиво. Многие из осужденных были посланы в Новгород: Архиепископ Геннадий велел посадить их на коней, лицом к хвосту, в одежде вывороченной, в шлемах берестовых, острых, какие изображаются на бесах, с мочальными кистями, с венцом соломенным и с надписью: се есть Сатанино воинство! Таким образом возили сих несчастных из улицы в улицу; народ плевал им в глаза, восклицая: се враги Христовы, и в заключение сжег у них на голове шлемы. Те, которые хвалили сие действие как достойное ревности Христианской, без сомнения осуждали умеренность Великого Князя, не хотевшего употребить ни меча, ни огня для истребления ереси. Он думал, что клятва церковная достаточна для отвращения людей слабых от подобных заблуждений.

Но Зосима, не дерзнув на Соборе покровительствовать своих обличенных тайных друзей, остался в душе еретиком; соблюдая наружную пристойность, скрытно вредил Христианству, то изъясняя ложно Св. Писание, то будто бы с удивлением находя в нем противоречия; иногда же, в порыве искренности, совершенно отвергая учение Евангельское, Апостольское, Святых Отцов, говорил приятелям: «Что такое Царство Небесное? что второе пришествие и воскресение мертвых? кто умер, того нет и не будет». Придворный Дьяк Федор Курицын и многие его сообщники также действовали во мраке; имели учеников; толковали им Астрологию, иудейскую мудрость, ослабляя в сердцах Веру истинную. Дух суетного любопытства и сомнения в важнейших истинах Христианства обнаруживался в домах и на торжищах: Иноки и светские люди спорили о Естестве Спасителя, о Троице, о святости икон, и проч. Все зараженные ересию составляли между собою некоторый род тайного общества, коего гнездо находилось в палатах Митрополитовых: там они сходились умствовать и пировать. – Ревностные враги их заблуждений были предметом гонения: Зосима удалил от церкви многих Священников и Диаконов, которые отличались усердием к православию и ненавистию к Жидовскому расколу. «Не должно (говорил он) злобиться и на еретиков, Пастыри духовные да проповедуют только мир!»