Генваря 10 Бояре Московские требовали от Феофила и Посадников, чтобы двор Ярославов был немедленно очищен для Великого Князя и чтобы народ дал ему клятву в верности. Новогородцы хотели слышать присягу: Государь послал ее к ним в Архиепископскую палату с своим Подьячим. На третий день Владыка и сановники их сказали Боярам Иоанновым: «Двор Ярославов есть наследие Государей, Великих Князей: когда им угодно взять его, и с площадью, да будет их воля. Народ слышал присягу и готов целовать крест, ожидая всего от Государей, как Бог положит им на сердце и не имея уже иного упования». Дьяк Новогородский списал сию клятвенную грамоту, а Владыка и пять Концов утвердили оную своими печатями. Генваря 13 многие Бояре Новогородские, Житые люди и купцы присягнули в стане Иоанновом. Тут Государь велел сказать им, что пригороды их, Заволочане и Двиняне будут оттоле целовать крест на имя Великих Князей, не упоминая о Новегороде; чтобы они не дерзали мстить своим единоземцам, находящимся у него в службе, ни Псковитянам, и в случае споров о землях ждали решения от Наместников, не присвоивая себе никакой своевольной управы. Новогородцы обещались и вместе с Феофилом просили, чтобы Государь благоволил изустно и громко объявить им свое милосердие. Иоанн, возвысив голос, сказал: «Прощаю и буду отныне жаловать тебя, своего богомольца, и нашу отчину, Великий Новгород».

Генваря 15 рушилось древнее Вече, которое до сего дня еще собиралось на Дворе Ярослава. Вельможи Московские, Князь Иван Юрьевич, Феодор Давидович и Стрига-Оболенский, вступив в палату Архиепископскую, сказали, что Государь, вняв молению Феофила, всего священного Собора, Бояр и граждан, навеки забывает вины их, в особенности из уважения к ходатайству своих братьев, с условием, чтобы Новгород, дав искренний обет верности, не изменял ему ни делом, ни мыслию. Все знатнейшие граждане, Бояре, Житые люди, купцы целовали крест в Архиепископском доме, а Дьяки и воинские чиновники Иоанновы взяли присягу с народа, с Боярских слуг и жен в пяти концах. Новогородцы выдали Иоанну ту грамоту, коею они условились стоять против него единодушно и которая скреплена была пятидесятью осьмью печатями.

Генваря 18 все Бояре Новогородские, Дети Боярские и Житые люди били челом Иоанну, чтобы он принял их в свою службу. Им объявили, что сия служба, сверх иных обязанностей, повелевает каждому из них извещать Великого Князя о всяких злых против него умыслах, не исключая ни брата, ни друга, и требует скромности в тайнах Государевых. Они обещали то и другое. – В сей день Иоанн позволил городу иметь свободное сообщение с окрестностями; Генваря 20 отправил гонца в Москву к матери своей (которая без него постриглась в Инокини), к Митрополиту и к сыну с известием, что он привел Великий Новгород во всю волю свою, на другой день допустил к себе тамошних Бояр, Житых людей и купцев с дарами и послал своих Наместников, Князя Ивана Стригу и брата его, Ярослава, занять Двор Ярославов; а сам не ехал в город, ибо там свирепствовали болезни.

Наконец, 29 Генваря, в Четверток Масляной недели, он с тремя братьями и с Князем Василием Верейским прибыл в церковь Софийскую, отслушал Литургию, возвратился на Иаозерье и пригласил к себе на обед всех знатнейших Новогородцев. Архиепископ пред столом поднес ему в дар панагию, обложенную золотом и жемчугами, струфово яйцо, окованное серебром в виде кубка, чарку сердоликовую, хрустальную бочку, серебряную мису в 6 фунтов и 200 корабельников, или 400 червонцев. Гости пили, ели и беседовали с Иоанном.