На третьем Соборе (в 1503 году) Иоанн уставил с Митрополитом, следуя правилам Апостольским и Св. Петра Чудотворца, чтобы ни Иереи, ни Диаконы вдовые не священнодействовали. «Забыв страх Божий, – сказано в сем приговоре, – многие из них держали наложниц, именуемых полупопадьями. Отныне дозволяем им только, буде ведут жизнь непорочную, петь на крылосах и причащаться в олтарях, Иереям в епитрахилях, а Диаконам в стихарях, и брать четвертую долю из церковных доходов: уличенные же в пороке любострастия да живут в мире и ходят в светской одежде. Еще уставляем, чтобы Монахам и Монахиням не жить никогда вместе, но быть в особенности монастырям женским и мужеским», и проч. – Грамотою сего же Собора, скрепленною подписями Святителей, запрещалось всякое церковное мздоимство. Несмотря на то, Архиепископ Геннадий дерзнул явно брать деньги с посвящаемых им Иереев и Диаконов: строгий Иоанн, свергнув его с престола Святительского, запер в Чудове монастыре, где он и кончил дни свои в горести.
Ревностный ко благу и достоинству Церкви, Великий Князь с удовольствием видел новую честь Духовенства Российского. Прежде оно искало милости в Византийских Святителях: тогда Москва сделалась Византиею, и Греки приходили к нам не только за дарами, но и за саном Святительским. В 1464 году Митрополит Феодосий поставил в Москве Митрополита Кесарии. Патриарх Иерусалимский, угнетаемый тиранством Египетского Султана, оставил Святые места и скончался на пути в Россию. Она была утешением бедных Греков, которые хвалились ее Православием и величием как бы их собственным. Знаменитые монастыри Афонские существовали нашими благодеяниями, в особенности монастырь Пантелеймона, основанный древними Государями Киевскими.
Соглашая уважение к Духовенству с правилами всеобщей монаршей власти, Иоанн в делах Веры соглашал терпимость с усердием ко Православию. Он покровительствовал в России и Магометан и самых Евреев, но тем более изъявлял удовольствия, когда Христиане Латинской церкви добровольно обращались в наше исповедание. Вместе с братом Великой Княгини Софии, с Италиянскими и с Немецкими художниками в 1490 году приехал в Москву Каплан Августинского Ордена, именуемый в летописи Иваном< I>Спасителем, он торжественно принял Греческую Веру, женился на Россиянке и получил от Великого Князя богатое село в награду.