Иоанн послал складную грамоту к Новогородцам, объявляя им войну (23 мая 1471 г.) с исчислением всех их дерзостей, и в несколько дней устроил ополчение: убедил Михаила Тверского действовать с ним заодно и велел Псковитянам идти к Новугороду с Московским Воеводою, Князем Феодором Юрьевичем Шуйским; Устюжанам и Вятчанам в Двинскую землю под начальством двух Воевод, Василья Федоровича Образца и Бориса Слепого-Тютчева; Князю Даниилу Холмскому с детьми Боярскими из Москвы к Русе, а Князю Василыо Ивановичу Оболенскому-Стриге с Татарскою конницею к берегам Мсты.
Сии отряды были только передовыми. Иоанн, следуя обыкновению, раздавал милостыню и молился над гробами Святых Угодников и предков своих; наконец, приняв благословение от Митрополита и Епископов, сел на коня и повел главное войско из столицы. С ним находились все Князья, Бояре, дворяне Московские и Татарский Царевич Данияр, сын Касимов. Сын и брат Великого Князя, Андрей Меньший, остались в Москве: другие братья, Князья Юрий, Андрей, Борис Васильевичи и Михаил Верейский, предводительствуя своими дружинами, шли разными путями к Новогородским границам; а Воеводы Тверские, Князь Юрий Андреевич Дорогобужский и Иван Жито, соединились с Иоанном в Торжке. Началося страшное опустошение. С одной стороны Воевода Холмский и рать Великокняжеская, с другой Псковитяне, вступив в землю Новогородскую, истребляли все огнем и мечем. Дым, пламя, кровавые реки, стон и вопль от востока и запада неслися к берегам Ильменя. Москвитяне изъявляли остервенение неописанное: Новогородцы-изменники казались им хуже Татар. Не было пощады ни бедным земледельцам, ни женщинам. Летописцы замечают, что Небо, благоприятствуя Иоанну, иссушило тогда все болота; что от Маия до Сентября месяца ни одной капли дождя не упало на землю: зыби отвердели; войско с обозами везде имело путь свободный и гнало скот по лесам, дотоле непроходимым.
Псковитяне взяли Вышегород. Холмский обратил в пепел Русу. Не ожидав войны летом и нападения столь дружного, сильного, Новогородцы послали сказать Великому Князю, что они желают вступить с ним в переговоры и требуют от него опасной грамоты для своих чиновников, которые готовы ехать к нему в стан. Но в то же время Марфа и единомышленники ее старались уверить сограждан, что одна счастливая битва может спасти их свободу. Спешили вооружить всех людей, волею и неволею; ремесленников, гончаров, плотников одели в доспехи и посадили на коней: других на суда. Пехоте велели плыть озером Ильменем к Русе, а коннице, гораздо многочисленнейшей, идти туда берегом. Холмский стоял между Ильменем и Русою, на Коростыне: пехота Новогородская приближилась тайно к его стану, вышла из судов и, не дожидаясь конного войска, стремительно ударила на ополошных Москвитян. Но Холмский и товарищ его, Боярин Феодор Давидович, храбростию загладили свою неосторожность: положили на месте 500 неприятелей, рассеяли остальных и с жестокосердием, свойственным тогдашнему веку, приказав отрезать пленникам носы, губы, послали их искаженных в Новгород. Москвитяне бросили в воду все латы, шлемы, щиты неприятельские, взятые в добычу ими, говоря, что войско Великого Князя богато собственными доспехами и не имеет нужды в изменнических.