Некоторые нововведения, опробованные на отдельных самолётах, в серию так и не внедрили. На один истребитель установили электрический автомат переключения скоростей нагнетателя АПСН-44, который использовали уже на появившемся позже Ла-11. Весной 1949 г. на Ла-9 прошёл испытания и был рекомендован к установке на серийные машины прибор АППС-ЦАГИ, предназначенный для предупреждения выхода на большие перегрузки и сваливания в штопор. Но никаких сведений о его монтаже на заводах нет.

Во время облёта новых машин на предприятиях иногда имели место и весьма неприятные происшествия. Только в течение 1948 г. при облёте произошли четыре поломки шасси. Во всех случаях в момент посадки складывалась одна из основных стоек. Отмечались и другие дефекты, но утверждать, что Ла-9 страдал какими-то существенными «врождёнными» конструктивными пороками, нельзя. Иногда причиной аварии являлось обычное головотяпство. Так, у лётчика Г. С. Большакова при стрельбе из пушек оторвались лопасти воздушного винта. К счастью, пилот сумел посадить машину, лишённую тяги. Последовавшее расследование показало, что моторный завод по ошибке прислал двигатель с другим передаточным числом редуктора, которое не соответствовало регулировке синхронизатора.

На заводе № 21 производство Ла-9 к концу года свернули, а в Улан-Удэ оно продолжалось до конца 1949 г. Параллельно с боевыми истребителями здесь строили самолёты двухместного учебно-тренировочного варианта.

В 1951 г. часть Ла-9, ещё находившихся в строю, подверглась модернизации. На них установили светотехническое оборудование для полётов в тёмное время суток и мягкие бензобаки.

Учебно-тренировочный истребитель, получивший первоначально обозначение «140», а затем Ла-9В («вывозной»), отличался двухместной кабиной с дублированными приборами как пилотажно-навигационными, так и контроля винтомоторной группы, сдвоенным управлением самолётом и двигателем, а также неубирающимся костыльным колесом. Количество бензобаков сократили до трёх, сохранили одну пушку НС-23 с боезапасом 100 патронов. Зато дополнительно установили оборудование для ночных полётов, оснастили переднюю кабину шторками для обучения полёту по приборам, смонтировали фотоустановку для плановой съёмки, переговорное устройство и приспособление для буксировки конуса.

В мае 1947 г. Ла-9В прошёл заводские испытания, выполнив восемь полётов, 2 июня начались государственные. Ведущим инженером и вторым пилотом в НИИ ВВС был В. И. Алексеенко, а ведущим лётчиком — И. М. Дзюба. По своим летно-техническим данным, а также по объёму оборудования Ла-9В мог широко использоваться в школах и частях ВВС в качестве учебно-тренировочного истребителя. По пилотажным качествам, устойчивости и управляемости он был аналогичен одноместному боевому Ла-9 и доступен лётчикам средней квалификации для пилотирования как из передней, так и из задней кабин, хотя, как любая новинка, обладал рядом недостатков.