Самолёт «130», первый опытный образец Ла-9, построенный на заводе № 21 в начале 1946 г., имел одноцветную окраску всех поверхностей, появившуюся на советских истребителях в 1945 г. Скорее всего, это был серо-голубой матовый аэролак АМТ-11. На фотоснимках выделяются только блестящие неокрашенные металлические полосы, стягивавшие капот, и опознавательные знаки. Последние, по нормам того времени, наносились на шести позициях: по бокам фюзеляжа, на киле и на плоскостях снизу. Знаки, введённые 3 сентября 1943 г., представляли собой пятилучевые красные звёзды с белой окантовкой шириной 50 мм и 10-мм красной каймой. По размеру они были немного меньше знаков на серийных истребителях Ла-7.

В июле 1946 г. командование ВВС потребовало от промышленности окрашивать металлические самолёты матовыми эмалями по новым эталонам светло-серо-голубого цвета. Машины должны были служить без перекраски не менее двух лет «без выцветания, омеления, трещин и шелушения». Подобную однотонную окраску матовой эмалью АМТ-11 использовали на первых сериях Ла-9. На некоторых фотографиях того времени встречаются также машины со светло-голубыми нижними поверхностями, но трудно сказать, заводская это окраска или самодеятельность при перекраске в воинских частях. Отклонения от стандарта присутствуют и в расположении опознавательных знаков; звёзды иногда изображены и на крыле сверху.

Эмаль АМТ-11 наносилась в два слоя поверх грунта. При этом последний слой появлялся на истребителе уже после пробного облёта, перед сдачей военной приёмке. Все внутренние объёмы самолёта, включая кабину, покрывали серо-стальной эмалью А-14 в два слоя. В этот же цвет красили стойки шасси и колёса. Лопасти винтов грунтовали и покрывали двумя слоями чёрной матовой эмали АМТ-6. В полках потом иногда красили их кончики в жёлтый цвет.

На капотах моторов истребителей, выпущенных заводом № 21, имелись эмблемы в виде стилизованного силуэта самолёта и надпись «Ла-9». Тактические номера по правилам того времени наносились на заводе перед сдачей заказчику. Они были двузначными и включали две последние цифры заводского номера. Их рисовали на хвостовой части фюзеляжа белой краской.

Для демонстрационных целей (например, парадов) иногда применялась яркая окраска — самолёты были целиком красными или сочетали красный и серый цвета.

Матовая окраска Ла-9 продержалась недолго — менее года. Эмаль АМТ-11 оказалась нестойкой. В эксплуатации она быстро выцветала. Такая окраска не могла продержаться даже год. Потребовались новые эмали для истребителей, создание которых заняло более года. В мае 1947 г. выпустили опытные производственные партии эмалей для войсковых испытаний, и представители ВВС утвердили их эталоны. Во второй половине того же года разработали технические условия на нитроэмали АГТ-16, АМТ-16, масляную эмаль А-36г и пентафталевые эмали ПФ-36м и ПФ-36г. В их обозначениях буква «м» везде означала «матовый», а «г» — «глянцевый». Хотя военные отдавали предпочтение матовым как более выгодным с точки зрения маскировки (они не давали бликов), представители промышленности стремились красить самолёты глянцевыми эмалями — более стойкими к воздействию осадков и обеспечивавшими более гладкую поверхность планера, что улучшало аэродинамику. О двух годах эксплуатации матовых покрытий тогда и речи не могло идти. Правда, и с глянцевыми эмалями не всё было ладно. Их новые разновидности, как и все другие светлые краски, по-прежнему остались подвержены омелению. При этом на поверхности покрытия появлялся белый налёт, легко стиравшийся тряпкой, а само оно светлело. В результате самолёты с глянцевой окраской тоже довольно быстро теряли первоначальный вид, особенно при нередком тогда безангарном хранении.