Для руководства и координации действий этих отрядов был создан штаб в Ровно во главе с начальником УББ НКВД УССР по борьбе с бандитизмом Задоя. При нем имелась еще и оперативная группа численностью более 300 работников карательного аппарата.

Одновременно существовавший в НКВД УССР до осени 1944 г. отдел по борьбе с бандитизмом был реорганизован в управление, а районные отделения НКВД—НКГБ в западных областях Украины — в отделы и увеличена их численность. В каждом из них создали отделение по борьбе с бандитизмом. Особое внимание при этом обращалось на состав начальников районных отделов НКВД и НКГБ. А непосредственно при наркоме внутренних дел УССР и его заместителе (осенью 1944 г. — В. Рясной и Т. Строкач соответственно) были созданы следовательские группы по 25 человек каждая для проведения расследований по делам наиболее активных повстанцев, командиров УПА и руководителей ОУН

Непосредственно операциями по ликвидации ОУН—УПА занимались внутренние войска НКВД, речь о которых пойдет ниже. Для дискредитации руководящего состава УПА, подполья ОУН и всего национально-освободительного движения в целом были созданы спецгруппы НКВД—НКГБ.

3 марта 1946 г. произошла реорганизация НКВД и НКГБ — они были преобразованы в Министерство внутренних дел СССР (МВД) и Министерство государственной безопасности СССР (МГБ). В таком виде они функционировали до 5 марта 1953 г., после чего были объединены в одно МВД. Аналогичные кадровые изменения произошли и в УССР.

С лета 1946 г. широкомасштабные акции противОУН—УПА проводили все органы и подразделения МВД УССР, всячески привлекая к этому местное население, которое иногда силой загоняли в истребительные батальоны. В июне 1946 г. их общая численность была доведена до 35 тысяч человек.

Согласно директиве МВД УССР от 15 июля 1946 г., в западных областях Украины были введены формы действий, характерные для МГБ. Это было:

а) физическое уничтожение руководителей подполья ОУН и командования УПА с помощью «агентов-боевиков»;

б) создание «параллельной агентурной сети» (деятельность секретных сотрудников МВД, МГБ и агентов под видом подполья ОУН);

в) перевод многих оперативников в категорию «негласных работников» (обычно они работали под видом представителей всевозможных заготовительных организаций или добровольных товариществ в больших городах, имея агентуру численностью 30–40 человек в прилегающих районах).

Секретным постановлением Совета Министров СССР от 28 января 1947 г., которое предваряли общие приказы МВД и МГБ от 21 января, вся дальнейшая борьба с национальным движением сопротивления была отнесена к исключительной компетенции органов госбезопасности. Принятые от МВД западных областей отделы по борьбе с бандитизмом и отделения второго отдела МВД УССР были реорганизованы в единые отделы. Всего было передано МГБ: 1617 оперативных работников, агентурная сеть численностью 17 945 человек, оперативный учет на 12 714 участников подполья, оперативные внутренние войска МВД (более 25 тысяч бойцов), а также истребительные батальоны (свыше 35 тысяч человек).