Против Троицкого собора, с восточной стороны, церковь Сошествия Св. Духа. К ней пристроен с южной стороны в 1867 году придел Св. Филарета Милостивого. Здесь усыпальница митрополитов Филарета, Иннокентия и архимандрита лавры Антония. Церковь Сошествия Св. Духа построена на месте деревянной в 1476 году. В 1655 году она внутри расписана, в 1778 году в ней сделан новый иконостас. В 1808 году украшены и позолочены глава и крест. К северной стороне церкви примыкает часовня, где погребен преподобный Максим Грек; она устроена в 1847 году.
Церковь Преподобного Сергия находится против Успенского собора, на южной стороне. Построена в 1686–1692 годах, украшена живописью в 1780 году. Возобновлена и украшена в 1847 году. Пол в церкви мраморный; вокруг открытая терраса, выстланная чугунными плитами. Трапезная обширная, в ней бывают в великие праздники и высокоторжественные дни соборные столы. Тут же, с южной стороны, и отделение для ежедневной трапезы и палата с запасной ризницей. Над церковью монастырская библиотека, где хранятся разные древние рукописи и книги, по большей части духовного содержания, а также акты в столицах, относящиеся к монастырским вотчинам. Рукописей более 828, книг около 9 тысяч. Более же ценные рукописи находятся в библиотеке Духовной академии.
Церковь Преподобного Михея (иначе называется Видение Божьей Матери преподобным Сергию и Михею). Это шестиугольное низкое здание, построенное на том месте, где была деревянная келья преподобного Михея. Гробница Михея находилась прежде под трапезным крыльцом, а с построением в 1734 году церкви поставлена в ней. Мощи преподобного Михея опочивают под спудом. Церковь Св. Михея возобновлена два раза: в 1781 и 1842 годах.
Церковь Рождения Иоанна Предтечи находилась над вратами ограды. Сооружена в 1629–1696 годах. В 1746 году она сгорела с иконостасом и всей утварью. Восстановлена и освящена в 1763 году, а затем в 1827.
Церковь Смоленской Божьей Матери. На этом месте прежде стояли две каменные палаты, на одной из которых стоял вырезанный из камня старинный образ Смоленской Божьей Матери. В 1730 году икона эта исцелила псаломщика, у которого обе иссохшие руки пригнуты были к спине[342]. По этому случаю в 1735 году архимандрит Варлаам соорудил церковь, в которой и поставил чудотворную икону. В 1854 году церковь расширена и украшена живописью.
Церковь Св. великомученицы Варвары. На левой стороне от св. ворот. Построена в 1853 году иждивением графини Варвары Татищевой, в иночестве Анастасии.
Церковь Св. апостолов Петра и Павла. Находится в архиерейском доме при настоятельских кельях. Прежде, в 1758 году, здесь был престол во имя Казанской Божьей Матери. В 1795 году он посвящен св. апостолам Петру и Павлу от митрополита Платона в честь своего ангела Петра (в светском житии). В церкви весь иконостас и иконы писаны на полотне. На сводах и стенах изображены разные замечательные эмблемы и надписи, сочиненные Платоном. В палатах еще сохраняются старинные портреты святителей и царей, вековая узорочная мебель и келейная утварь Платона.