Мотт достаточно быстро выяснил, что Фукс — весьма одаренный теоретик, в своих изысканиях настойчивый до упрямства. Клаус работал с огромным усердием и через четыре года защитил докторскую диссертацию о применении к металлам принципов квантовой механики. Убедившись в том, что характер и манера поведения Фукса вряд ли позволят ему стать хорошим лектором, Мотт подыскал ему должность в Эдинбургском университете, у другого немецкого физика-эмигранта, Макса Борна.
В 1920-х — начале 1930-х годов в Геттингенском университете Борн многое сделал для зарождения новой отрасли науки — квантовой физики. В 1925 году он опубликовал в соавторстве со своим ассистентом Паскуалем Йорданом работу, в которой предложил дальнейшее развитие теории Гейзенберга, получившей впоследствии название матричной механики (а еще позже — квантовой механики). У Борна писал диссертацию Оппенгеймер; его научными сотрудниками в разное время были Ферми, Теллер и Вигнер. Будучи лютеранином, он имел предков-евреев, и поэтому в 1933 году его сняли с профессорской должности. Вскоре он с готовностью принял предложение прочитать курс лекций в Кембридже, а в 1936-м — стать профессором естествознания в Эдинбургском университете.
Борн тепло встретил Фукса. Они быстро подружились — если дружба вообще возможна с человеком, не желающим никому и никогда открывать свою душу. Тем временем репутация Фукса росла он начал делать научную карьеру, и это отразилось на его характере: Клаус стал менее замкнутым. Однако полностью своей сдержанности он не утратил.
Советско-германский пакт о ненападении и последовавшее за ним вторжение войск СССР на территорию Финляндии стали для системы ценностей Фукса хорошим испытанием на прочность. Однако он довольно быстро оправился от первоначального шока, найдя рациональное объяснение действиям Сталина: Клаус истолковал их как вынужденную меру в ходе подготовки к войне с Германией, которая, вне всякого сомнения, должна была вскоре начаться. Вторая мировая, грянувшая в сентябре 1939 года, перечеркнула его шансы на получение британского гражданства. Теперь Фукс — подданный враждебной страны. Хотя поначалу — по причине твердой антифашистской позиции — ученого отнесли к категории лиц, представлявших собой наименьшую угрозу для безопасности государства, его все же выслали на остров Мэн в июне 1940 года. В это время войска вермахта уверенно продвигались по территории Европы. С острова Мэн Фукса вскоре перевели в лагерь для интернированных, который находился в районе города Шербрука неподалеку от Квебека.
Лагерь был населен главным образом евреями, поскольку на тот момент большинство немецких эмигрантов в Великобритании составляли именно они. Канадцы — охранники лагеря — никак не могли взять в толк, почему еврейских беженцев посчитали опасными, ведь те (в их числе было и несколько раввинов) навряд ли могли представлять значительную угрозу для безопасности страны, которая вела войну с фашистской Германией. Однако справедливости ради следует заметить, что не все интернированные были евреями — среди них встречались и настоящие фашисты. Фуксу было противно даже думать о том, что такие люди находятся рядом с ним.