Сциларду ничего не оставалось, кроме как снова ждать.

Учреждение НКОИ породило одно непредвиденное побочное явление. Поскольку Национальный комитет был чисто американской организацией и занимался секретными исследовательскими проектами для армии, то его членами могли стать только граждане США. Ферми, Сциларда, Теллера и Вигнера неожиданным образом отстранили от работы. Это казалось невероятно абсурдным. Сакс изо всех сил защищал ученых, доказывая, что вся работа Консультативного комитета напрямую зависит от достижений этих эмигрантов, которым теперь запретили продолжать свои исследования.

Военная контрразведка провела все возможные проверки. В обобщенном донесении о Ферми говорилось, что он «вне всякого сомнения, фашист» (в то время как он им ни в коей мере не был). Далее следовала рекомендация не допускать его к засекреченным исследованиям. В разведданных, собранных по Сциларду, сообщалось, будто он настроен «крайне прогермански» и «неоднократно высказывал свое мнение о том, что победителем в войне будет именно Германия». Его также рекомендовали отстранить от любых работ, объявленных секретными. Оба донесения ссылались на «полностью достоверные источники». Ирония заключалась в том, что информацией, которую стоило в первую очередь засекречивать, владели как раз те ученые, коих власти хотели отстранить от дальнейшей работы.

Донесения контрразведки в августе 1940 года отправили Дж. Эдгару Гуверу с просьбой привлечь к дальнейшим проверкам ФБР. Данные, полученные из его ведомства, почти слово в слово повторяли то, что ранее сообщали военные. Но рекомендации из донесений в полной мере выполнены не были: аргументы Сакса оказались сильнее. Всем четверым ученым-эмигрантам разрешили участвовать в проекте, правда, не в качестве полноправных членов НКОИ, а только как консультантам.

Однако, несмотря на то что теперь проект имел гораздо более высокий статус, работа все еще продвигалась медленно. Объективности ради следует отметить, что все полученные на тот момент результаты обескураживали. Стало точно известно, что под воздействием медленных нейтронов расщепляется именно изотоп U^>235, однако отделить его от урана-238, по мнению ученых, было невероятно сложно. Первые данные, указывающие на возможность практически воплотить урановый реактор, обнадеживали и разочаровывали одновременно. Планировалось, что очищенный должным образом графит послужит неплохим замедлителем, однако до сих пор не было точно известно, возможна ли самоподдерживающаяся цепная реакция в урановом реакторе, в котором количество U^>235 искусственно не увеличено. Предварительные выводы Нира и Даннинга по этому вопросу были не очень оптимистичными. Если удастся построить и запустить реактор, то в нем при резонансном поглощении нейтронов ядрами урана-238 должен образоваться элемент-94, который выделить, судя по всему, гораздо проще. В свою очередь, этот элемент также мог быть расщепляемым.

В довершение ко всему Теллер произвел вычисления, результаты которых позволяли предположить, что масса урановой бомбы превышает 30 тонн. Даже если допустить, что подобное устройство все-таки удастся привести в действие, доставить его к цели невозможно ни одним из известных способов.