В начале мая 1881 года Пастер пригласил на ферму в Пуилье-ле-Фор многочисленных гостей — ученых, политиков, журналистов — и на их глазах сделал прививку от сибирской язвы 30 овцам и 5 коровам (столько же животных не были вакцинированы). В конце мая скотину заразили сибирской язвой. Через 2 дня в живых остались только те, что были привиты. Впоследствии русский исследователь Илья Мечников (1845—1916), которого в свою очередь называют отцом иммунологии, так сформулировал принципы Пастера: «Во-первых, нужно получить разводку данной бактерии; во-вторых, найти способ ее достаточного ослабления и, в-третьих, установить степень силы ослабленных культур, нужную для предохранения от заразы».

В 1885 году Пастером была разработана вакцина от бешенства. Возможно, ученым двигали личные мотивы. Существует версия, что в детстве маленький Луи увидел человека, укушенного бешеным волком. Страшная картина прижигания места укуса раскаленным железом потрясла Пастера. Но когда он все-таки создал вакцину, то долго не решался провести эксперимент на людях и в конце концов решил проверить действие прививки на себе, но тут одна женщина привезла к нему из Эльзаса мальчика, искусанного бешеной собакой. Терять было нечего: в любом случае ребенок бы умер, и Пастер начал вводить противостолбнячную сыворотку. После 14 уколов мальчик выздоровел. С этого момента слава Пастера пошла по всему миру, ведь тогда после укуса бешеного животного никто не выживал. В разных странах начали открываться пастеровские станции, где делали прививки от бешенства, сибирской язвы и куриной холеры. В России такая станция появилась в 1886 году в Одессе и была на тот момент второй в мире.

Вместе с поиском возбудителей болезней и способов защиты от них врачей и ученых волновал вопрос, почему и как именно организм борется с инфекциями. Родоначальниками иммунологии признаны Илья Мечников и Пауль Эрлих. Интересно то, что оба они выражали прямо противоположные точки зрения и в течение десятилетий вели непрекращающиеся научные дебаты.

Мечников считал, что от чужеродного вмешательства организмы защищают фагоциты (белые кровяные тельца). К такому выводу он пришел, наблюдая в микроскоп за прозрачной личинкой морской звезды, в тело которой он ввел немного красной краски — кармина. К зернам краски устремились блуждающие клетки, которые их «съели» и окрасились сами. После этого Мечников вставил под кожу личинок несколько шипов от роз и на следующий день увидел, что красные клетки окружили инородное тело. Рассуждения ученого были таковы: ни одно заболевание, вызываемое болезнетворными микробами, не обходится без воспаления, и если разгадать сущность воспаления, то откроется и способ, благодаря которому организм борется с микробами. Навстречу микробам движутся блуждающие клетки-защитники, после чего начинается ожесточенная борьба — человека лихорадит, поднимается температура, и в том случае, если фагоциты (по-древнегречески «фаго» — пожираю, «цитос» — клетка) удается победить микробы, то пациент выздоравливает.