Но и самая слава отца Иоанна была его величайшим подвигом, тяжким трудом. Всюду, где бы он ни показался, около него мгновенно вырастала толпа жаждавших хотя бы лишь прикоснуться к чудотворцу. По желанию верующих отцу Иоанну приходилось предпринимать поездки в разные города России. Эти поездки были настоящим триумфом смиренного Христова служителя. Стечение народа определялось десятками тысяч, и все бывали объяты чувствами сердечной веры и благоговения, страхом Божиим и жаждой получить целительное благословение. Не только Харьковский собор, но и площадь около него во время служения отца Иоанна 15 июля 1890 года не могли вместить молящихся, которые наполняли даже все прилегающие улицы.
К тяжелому подвигу служения людям в последние годы жизни святого присоединился мучительный личный недуг – болезнь, которую он кротко и терпеливо переносил, никому никогда не жалуясь. Решительно отверг он предписания знаменитых врачей, пользовавших его, поддерживать свои силы скоромной пищей. Вот его слова: «Благодарю Господа моего за ниспосланные мне страдания для предочищения моей грешной души. Оживляет – Святое Причастие».
В отношении к России отец Иоанн явил собою образ грозного пророка Божия, проповедующего истину, обличающего ложь, призывающего к покаянию и предрекающего близкую кару Божию за грехи и за богоотступничество. Будучи сам образом кротости и смирения, любви к каждому человеку, независимо от национальности и вероисповедания, святой с великим негодованием относился ко всем безбожным, материалистическим и вольнодумным либеральным течениям, которые распространялись в нашей стране в то время. Он понимал, что они подрывали веру русского народа и подкапывали тысячелетний государственный строй России. «Бедное отечество, когда-то ты будешь благоденствовать?! Только тогда, когда будешь держаться всем сердцем Бога, Церкви, любви к Царю и Отечеству и чистоты нравов», – говорил он.
Праведный пастырь понимал опасность происходящего. Он предостерегал всех, каждого человека и весь народ в целом. «Научись, Россия, веровать в правящего судьбами мира Бога Вседержителя и учись у твоих святых предков вере, мудрости и мужеству... Господь вверил нам, русским, великий спасительный талант православной веры... Восстань же, русский человек!.. Кто вас научил непокорности и мятежам бессмысленным, коих не было прежде в России... Перестаньте безумствовать! Довольно! Довольно пить горькую, полную яда чашу – и вам и России». И грозно прорекает: «Если в России так пойдут дела и безбожники и анархисты-безумцы не будут подвержены праведной каре закона, и если Россия не очистится от множества плевел, то она опустеет, как древние царства и города, стертые правосудием Божиим с лица земли за свое безбожие и за свои беззакония».
Отец Иоанн оставил завещание: «Нам необходимо всеобщее нравственное очищение, всенародное глубокое покаяние, перемена нравов языческих на христианские: очистимся, омоемся слезами покаяния, примиримся с Богом, и Он примирится с нами».
10 декабря 1908 года, собрав остаток своих сил, отец Иоанн в последний раз сам совершил Божественную литургию в Кронштадтском Андреевском соборе. А в 7 часов 40 минут утра 20 декабря 1908 года на восьмидесятом году жизни великий праведник мирно отошел ко Господу, заранее предсказав день своей кончины.