Много позже Бонч-Бруевич именно Троцкого обвинял в том, что Ленину пришлось расстаться со своей правой рукой в Совнаркоме. «Я […] должен был покинуть должность управляющего делами Совнаркома благодаря невероятной и подлой интриге, которую повели противники — Троцкий, Крестинский, Каменев и их политические друзья»[2344]. Согласно этой версии Бонч-Бруевича, при обыске в Госбанке в 1920 он обнаружил золото, припрятанное там Крестинским. В результате против него проголосовали в Оргбюро, так что ему, Бонч-Бруевичу, пришлось уйти против воли Ленина. Наверно, доля истины в таком объяснении есть. Прятали большевики золото друг от друга или нет, Троцкий скорее всего обвинял Бонч-Бруевича в «полухлыстовской перспективе на события», утвердившейся в самом центре власти. Министр обороны не зря спорил о хлыстовстве с модными писателями; ему приходилось доказывать в соседнем кабинете, что «революция не радение».
Обещания мобилизовать секты в поддержку революции, повторявшиеся со времен 2-го съезда, так и оставались невыполненными. За одно это Бонч-Бруевич должен был расстаться со своим местом. Он, однако, уже достиг необычайного успеха. Его двойная карьера этнографа и политика масштабна и уникальна. Он завоевал себе место не только в истории русской революции, но и в интеллектуальной истории. Вряд ли история этнографии, и вообще гуманитарной науки, знает много случаев столь тесного соединения политического лидерства со специальным знанием. Лишь закономерно, что именно в этом случае, когда знание было связано со столь большой властью, оно оказалось в такой же степени ложным.
Между тем сектантские общины продолжали существовать, честно работали на земле и посреди общей разрухи были видимыми островами нового, или по крайней мере другого, мира. В тяжелые для старых большевиков времена НЭПа идея родства между сектами и коммунизмом вновь стала пользоваться их поддержкой. Сектанты хоть и не настоящие боевые коммунисты, но все лучше буржуазии; и если выбирать между нэпманами и хлыстами, то революционная страсть принадлежала хлыстам. После отставки из аппарата ничто не мешало Бонч-Бруевичу сосредоточиться на своей сектоведческой миссии. 4 апреля 1924 им подписана рукопись статьи О работе среди сектантов и раскольников.