Весь оставшийся уран, тяжелая вода, радий и оборудование лихорадочно укладывали в грузовики. Через несколько часов колонна была готова к отправке. Машины должны были выехать из Штадтилма в сторону Ронебурга, затем повернуть в сторону Вейда, куда эвакуировали Бюро по стандартам, и уже оттуда отправиться в сторону Мюнхена. В 7.30 утра 8 апреля профессор Герлах получил радиограмму от Верке, в которой сообщалось о том, что Дибнер отправился в Южную Германию. Герлах отправил курьера, который должен был сообщить эту новость профессору Ментцелю.
В конце февраля 1945 года миссия «Alsos» в районе Ахена вошла на территорию Германии и возобновила свою деятельность. Казалось, что после успеха в Страсбурге в декабре 1944 года у миссии осталось мало дел. Обстановка осложнялась тем, что все задачи, которые миссия должна была выполнить на территории Германии, должны были решаться в районах, оккупированных Францией и Советским Союзом.
Захваченные в Страсбурге документы раскрывали ту роль, которую играло в производстве урана предприятие компании «Auer», расположенное в Ораниенбурге, недалеко от Берлина. Но район Ораниенбурга должен был отойти к русским. Кроме того, представлялось невозможным захватить завод и демонтировать оборудование до того, как советские войска войдут в этот город. Такой шаг противоречил международным соглашениям. В начале марта руководитель американской атомной программы генерал Гровс рекомендовал воздушными ударами полностью уничтожить предприятие компании «Auer». Генерал Маршалл согласился с этим предложением и отдал распоряжение командующему ВВС США в Европе сосредоточить усилия на решении этой задачи. Во второй половине дня 15 марта в небе над городом появились 600 «летающих крепостей», которые подвергли завод и окрестности массированному бомбовому удару. Результаты бомбардировки были настолько ужасны, что даже сейчас, через много лет, в городе существует Комиссия катастрофы, обязанностью которой является руководить сбором неразорвавшихся бомб, по сию пору оставшихся в городской земле. Ущерб, причиненный жителям, был незначительным, но, как показали данные, полученные в результате проведенной после рейда авиационной разведки, сам завод был полностью уничтожен.
Джон Андерсон, который был в курсе поставленных перед миссией «Alsos» задач, предложил премьер-министру Черчиллю принять особые меры по проведению расследования, касающегося работ над германской ядерной программой, сразу же, как только войска союзников достигнут района Рейна. Он подготовил письменные рекомендации по этому вопросу, однако господину Черчиллю кто-то намекнул в личной беседе, что шаги, предусмотренные планом Андерсона, не могут не вызвать неудовольствия русских. И все же руководитель научной разведки ВВС Великобритании доктор Джонс уже подготовился к отправке соответствующего персонала в Германию, как только «интересующие районы вокруг Штутгарта», а именно Хехинген, Хайгерлох и Тайлфинген, окажутся доступными для союзников.
В последние дни марта американские войска вошли в Гейдельберг. 30 марта миссия «Alsos» заняла здание Института физики имени кайзера Вильгельма. Научный руководитель миссии доктор Сэмюэл Гаудсмит вместе с Фредом Варденбургом и доктором Джеймсом Лейном приступили к осмотру кабинетов и лабораторий. В одном из помещений был обнаружен профессор Вальтер Боте. Деликатное поручение допросить его досталось доктору Гаудсмиту, который был лично знаком с немецким ученым. Боте с удовольствием демонстрировал американцам построенный в институте новый циклотрон и говорил о чистой науке. Однако он отказывался выдавать какую бы то ни было информацию, касающуюся военных исследований, в которых принимал участие.