На полу бункера находилась круглая реакторная яма, похожая на небольшой бассейн, сверху которой была установлена электрическая лебедка. Бункер был оборудован специальной насосной установкой, вентиляцией и складским помещением для хранения стальных емкостей с тяжелой водой. В отдельном помещении, которое так и не было достроено, находился цех по очистке тяжелой воды от примесей. Радиоактивные газы должны были выводиться с помощью мощных кондиционеров. Кроме того, имелась система дистанционного управления механизмом, с помощью которого урановые пластины должны были помещаться в реактор и извлекаться оттуда. Наблюдение за работой реактора велось через защищенные слоем воды двойные иллюминаторы. Таким образом, угроза радиоактивного заражения была сведена к минимуму. Вход в лабораторию из соседних помещений, где проводились опыты с ураном и тяжелой водой, осуществлялся через двойные стальные герметичные двери.
Именно в этом бункере ученые Института физики имени кайзера Вильгельма и Гейдельбергского института работали над созданием первого большого реактора, работавшего на тяжелой воде. Прошло четыре года с тех пор, как доктор Баше обратился к военному командованию с призывом объединить все исследования в области ядерной физики под крышей института в Берлин-Далеме. Похоже, что такие времена наступили.
В ту зиму ВВС Великобритании вновь сосредоточили усилия на воздушных рейдах против столицы Третьего рейха, и каждую ночь в небе Берлина разносился вой сирен воздушной тревоги. Ученые, у которых не было семей, включая самого профессора Гейзенберга, переселились в подземную лабораторию, где работали над урановым реактором ночи напролет. Однако сложившиеся обстоятельства не позволяли полностью сосредоточиться на работе. Эксперименты на берлинском реакторе затянулись до лета, а достигнутые успехи были весьма скромными.
Новый реактор в бункере строили под руководством ученых группы Карла Вирца. К тому времени эксперименты в лаборатории в Готтове явно продемонстрировали преимущество применения урановых кубов, по сравнению с пластинами. Однако «в целях сохранения методики» в первом берлинском реакторе вновь последовательно располагали слои пластин урана и тяжелой воды. Как и прежде, цилиндрический корпус реактора высотой 124 сантиметра и такого же диаметра был изготовлен компанией «Bamag-Meguin». Корпус был выполнен из очень легкого сплава магния, обладавшего низкими характеристиками поглощения нейтронов. В реакторе применялись четыре вида урановых пластин весом от 900 до 2100 килограммов. Они располагались горизонтальными слоями и отделялись один от другого прокладками из магния. Затем корпус помещали в реакторную яму, заполненную водой, и в него наливали 1,5 тонны тяжелой воды.
В течение долгих месяцев проведения экспериментов количество и расположение урановых пластин в корпусе реактора менялось четыре раза. Наконец, ученые пришли к выводу, что оптимальным является расстояние 18 сантиметров между пластинами, так как при этом удавалось добиться наибольшего показателя увеличения количества нейтронов. Но к этому выводу еще в ноябре 1943 года пришли Боте и Фюнфер при проведении экспериментов в Гейдельберге. Таким образом, после нескольких месяцев упорной работы немецким ученым удалось ненамного продвинуться вперед, по сравнению с результатами за прошлый год. Когда президент объединения Институтов имени кайзера Вильгельма доктор Фоглер узнал от профессора Гейзенберга о результатах работы, он конечно же был очень разочарован, о чем прямо написал профессору Герлаху в мае 1944 года.