Великий князь Николай Николаевич не мог простить Сухомлинову расформирование Совета государственной обороны. Министра ненавидели влиятельные генералы, полагавшие, что они гораздо лучше справились бы с его обязанностями. Среди них были новый командующий Киевским военным округом генерал Николай Иванов, командующий кавалерийской дивизией Василий Гурко, сын прославленного фельдмаршала, и, наконец, товарищ (заместитель) Сухомлинова генерал Алексей Поливанов.
Государственную думу Сухомлинов избегал, полемистом он был неважным. Патриотически настроенные депутаты считали: не появляется потому, что боится отвечать на вопросы, не знает цифр и боевого расписания войск. Глава Думы октябрист Александр Гучков отзывался о военном министре так: «Циничная беспринципность, глубокое нравственное безразличие, ветреное легкомыслие в связи с материальной стесненностью и необходимостью прибегать к нечистоплотным услугам разных проходимцев и, наконец, женское влияние, которое цепко держало Сухомлинова в рабстве, – все это делало его легкой добычей ловких людей. Само собой разумеется, что я не мог оставаться равнодушным. Я решил бороться и довести дело до конца…»
Сухомлинова не любили жандармы – он покровительствовал Мясоедову, изгнанному с позором из их ведомства. Более того, он нарушил монополию департамента полиции: находясь на службе в военном министерстве, занимался сыском. И, наконец, недовольство возвышением Мясоедова выражали адъютанты министра: Булацель, Боткин и Коломнин. А все это были люди со связями: брат Булацеля – известный черносотенный публицист; брат Боткина – лейб-медик, а по жене он в родстве с Гучковыми; наконец, Коломнин – внук знаменитого издателя Алексея Суворина. Мясоедов стал ахиллесовой пятой министра.
Весной 1912 года по просьбе Булацеля департамент полиции составляет досье на Сергея Мясоедова: контрабандист, совмещает официальную службу с бизнесом, водится с подозрительными евреями и германскими подданными. Министр внутренних дел Макаров пишет военному министру официальное письмо: «Мясоедову нельзя доверять военные тайны». Благодаря Поливанову содержание письма Макарова становится известным Коковцову, Гучкову и другим врагам Сухомлинова. Родственник адъютанта военного министра Коломнина – хозяин издательского дома «Новое время» Борис Суворин. 13 апреля 1912 года в его газете «Вечернее время» появляется статья «Кому поручена в России военная контрразведка?». В ней имя Мясоедова прямо не упоминается, но описан он весьма узнаваемо. Утверждается: жандармский полковник, которому доверены государственные секреты – человек во всех смыслах сомнительный, едва ли не шпион. 14 мая другая газета суворинского холдинга, «Новое время», публикует интервью с Александром Гучковым, где тот прямо называет полковника – Сергей Николаевич Мясоедов.
Сухомлинов защищал Мясоедова вяло и неубедительно. Сам же полковник был в ярости: он публично избил Бориса Суворина и вызвал на дуэль Гучкова (поединок 22 мая 1912 года закончился мирно, никто не пострадал).
Сергею Николаевичу пришлось выйти в отставку. Пала тень и на репутацию военного министра, покровительствовавшего человеку сомнительной нравственности. Хуже другое, давно забытое, казалось бы, дело о разводе Екатерины Викторовны с Бутовичем снова оказалось в центре внимания.