В глубине ниши на внешней стене Рождественского собора имеется роспись, выполненная одновременно с росписью его интерьера. Средняя часть этой композиции утрачена. Судя по описи XVIII века, здесь была изображена сидящая на троне Богоматерь с младенцем. Сохранились изображения предстоящих ей в молении: архангела Михаила (слева), архангела Гавриила и св. Николая (справа), а также фрагменты фигур двух коленопреклоненных в монашеских одеждах, в которых есть все основания видеть Ферапонта и Мартиниана. Эта композиция связана с захоронением Мартиниана, а изображение св. Николая напоминает о придельной церкви этого святого, расположенной за стеной. Еще не канонизированные в момент исполнения фрески преподобные молятся св. Николаю и вместе с ним - Богоматери.
В 1649 году сооружено здание Святых ворот, в верхнем этаже которого расположены церкви Богоявления и Ферапонта. Своеобразная и живописная композиция этого небольшого здания, увенчанного двумя стройными шатрами, с примыкающей к нему с юга Казенной палатой, образует главный фасад монастыря.
Церковь фланкирована двумя симметричными двухэтажными пристройками. Одна из них, северная, сооружена в позднее время на месте прежних каменных келий, часть стен которых включена в ее нижний этаж. Вторая пристройка, древняя в основе, тоже сильно переделана, а ее стена со стороны монастыря вообще новая. Сейчас в ней устроена лестница, ведущая в церковь. Прежде наверх поднимались по деревянному крыльцу. В годы пребывания в монастыре патриарха Никона церковь Богоявления служила ему домовой церковью. К ней вели деревянные переходы от выстроенных Никоном хором.
Внутри обе церкви, объединенные в одно помещение, очень своеобразны. Иконостасы поставлены вдоль длинной оси здания, оставляя свободным узкое пространство, мало напоминающее внутренность храма. Увенчивающие здание каменные восьмерики с шатрами поставлены над его серединой без всякой связи с системой перекрывающих храм сводов. Их вес передается на стены при помощи остроумно размещенных разгрузочных арочек.
К XVII веку относится также дошедшая до нас монастырская
колокольня. Она занимает место на середине каменного крытого перехода, соединяющего паперти собора и трапезной. Судя по этому ее положению и ориентации, она с самого начала была связана с переходом. Правда, существующий переход вместе с пристроенным к колокольне крыльцом построен не ранее рубежа XVIII-XIX веков, но он точно повторил трассу более раннего, существовавшего уже в XVII столетии. Остатки его сохранились в нижнем этаже.
Ферапонтовская колокольня довольно архаична. Это сказывается не только в простоте декорации, не характерной для колоколен
XVII века, но и в самом ее устройстве. Очень редки квадратный план звона и четырехгранный, выглядящий несколько грубоватым, шатер. Тем не менее некоторые детали, в частности, профилировка карнизов, не позволяют отнести ее постройку к более раннему времени.
Монастырь когда-то имел в своем составе и другие здания - поварню, погреба, кельи. Некоторые из них строились из камня, но большая часть - из дерева. Все они давно уже утрачены. Деревянной была и монастырская ограда с четырьмя башнями по углам. С южной стороны она несколько отступала за пределы Казенной палаты. В целом она же более или менее совпадала с существующей, относящейся ко времени бытования монастырских церквей как приходских. В значительной части она выстроена заново уже в 1870 году. Немногочисленность сохранившихся построек способствует еще большему слиянию ферапонтовских храмов с окружающим пейзажем.