Как только началось наступление немецких войск против Акманайских позиций и противник стал бомбить и обстреливать Керченский плацдарм, тысячи жителей Керчи и окрестных сел бросились искать убежища от немецких бомб и снарядов в спасительные каменоломни. Они приходили туда семьями — женщины, дети, старики, неся с собой чемоданы и узлы со скарбом и со скудным запасом продовольствия. Они пришли сюда на несколько дней, отсидеться до тех пор, пока наши войска отобьют вражеское наступление и они снова смогут вернуться в свои дома. Но эти надежды были обмануты — Керченского плацдарма больше не существовало, враг опять овладел всем побережьем, и над их головами уже ходили немецкие солдаты. Мирные жители оказались запертыми здесь, в темных подземных норах, и судьба их была полна мрачной и трагической неизвестности.
Толпы этих людей, неорганизованные, жадно ловившие отзвуки событий, происходивших наверху, легко подверженные панике, находились в постоянном движении внутри подземного лабиринта. Они все время переходили с места на место, отыскивая родных и знакомых, снова теряя их в темноте, стараясь быть поближе к командирам, ища более безопасного убежища. Время от времени среди них с быстротой молнии, передаваемые из уст в уста, разносились какие-нибудь тревожные слухи, и тогда в подземельях поднималась паника. Матери подхватывали своих детей и узлы со скарбом и бросались бежать куда-то в темноту, сталкиваясь друг с другом, повсюду слышался детский плач, женские крики, и военным с большим трудом удавалось наводить порядок и успокаивать эту мечущуюся толпу. И можно себе представить, с какими невероятными трудностями встретились командиры, взявшие в эти дни на свои плечи нелегкое бремя организации жизни и обороны подземного города. У них не было даже плана расположения каменоломен, они не могли учесть всех людей и наладить снабжение необходимым питанием и водой этой текучей, подвижной толпы, непрерывно перемещавшейся по темным лабиринтам.
И все-таки они сделали все, что можно. Уже в начале боев старшие командиры, оказавшиеся в подземельях, создали штаб обороны каменоломен. Командование гарнизоном Аджимушкая принял на себя полковник Павел Максимович Ягунов. Это был участник гражданской войны, кадровый офицер Красной Армии, который в 1941 году занимал должность начальника Бакинского пехотного училища, а позднее сражался на фронте и командовал одной из стрелковых дивизий, находившейся на Керченском плацдарме. Сорокалетний батальонный комиссар Иван Павлович Парахин, опытный политработник, стал его заместителем по политической части, капитан Левицкий — начальником штаба, интендант Желтовский — начальником снабжения. Боевые батальоны этого «полка обороны Аджимушкайских каменоломен», как впоследствии стал называться гарнизон, возглавили танкист полковник Григорий Бурмин, пехотинец полковник Федор Верушкин и бывший командир подразделения морской пехоты капитан Аркадий Панов. Каждому из батальонов было поручено оборонять определенный участок каменоломен, у всех выходов наружу и у специально пробитых амбразур постоянно дежурили наблюдатели, пулеметчики и меткие стрелки, зорко подстерегавшие каждое движение врага и своим огнем заставлявшие его держаться на почтительном расстоянии. Время от времени гарнизон делал ночные вылазки и в рукопашных боях наносил противнику немалый урон.