Практически одновременно с Сенатом Петр I основал новый контрольно-ревизионный институт так называемых фискалов. Это была целая армия официальных лиц, действовавших тайным образом и выявлявших все неправедные действия, наносившие ущерб государству (казнокрадство, взяточничество, нарушение законопорядка и т.д.). Во главе фискалов стоял обер-фискал при Сенате. У него в подчинении было 4 фискала (два от купечества и два от дворянства). При губернских правлениях было также по 4 фискала, в городах — 1—2 фискала. Фискалы не получали жалованья, в награду за труды им полагалась в первые годы половина, а потом треть конфискованного имущества. Фискалы все свои наблюдения отправляли в Расправную палату, откуда дела поступали в Сенат. Над самим Сенатом с 1715 г . надзирал специальный сенатский генерал-ревизор, а с 1721 г . контроль вели помесячно штаб-офицеры гвардии.

Постепенно пробивала себе дорогу и такая форма государственного управления, как коллегия. Еще в 1711 г . был подан проект организации особой коллегии для руководства горной промышленностью. В следующем году появились проекты организации Коммерц-коллегии и Ревизион-коллегии, а в 1715 г . Коммерц-коллегия стала уже функционировать. Тогда же, в 1715 г ., начата была проработка вопроса об организации центральных органов управления и изучения опыта Дании, Швеции и Австрии. Три наиболее важные коллегии (Военная, Адмиралтейская и Иностранная) стали работать уже в 1718 г . Всего было учреждено , 11 коллегий (остальные восемь: Берг-коллегия, Мануфактур-коллегия, Коммерц-коллегия, Камер-коллегия, Штатс-контор-коллегия, Вотчинная коллегия, Ревизион-коллегия и Юстиц-коллегия). Структура и функции коллегий вплоть до организации делопроизводства, процедуры заседаний были подробно разработаны в Генеральном регламенте и регламентах отдельных коллегий. Так была заложена основа унификации и бюрократизации государственного управления.

К числу центральных учреждений должен был принадлежать Синод, или Духовная коллегия. В свое время после смерти патриарха Адриана царь назначил на этот пост лишь исполняющего обязанности (местоблюстителя), а выборы патриарха не провел. Причиной тому было сдержанное, если не враждебное, отношение духовенства к преобразованиям царя, причастность духовенства к делу царевича Алексея. В итоге в 1721 г . был образован Синод во главе с президентом, бывшим местоблюстителем престарелым Стефаном Яворским. Фактическим главой Синода был вице-президент псковский архиепископ Феофан Прокопович. Именно он сочинил Духовный регламент — свод важнейших организационных и идеологических установлений церковной организации в новых условиях абсолютизма. По Регламенту члены Синода присягали, как и все чиновники, на верность царю и обязывались «в мирские дела и обряды не входить ни для чего». За всем этим незримо стояла не забытая опасность гордыни патриарха Никона. Теми же мотивами были продиктованы принципы коллегиального управления церковью и вменено в обязанность священникам нарушение тайны исповеди в случаях, «грозящих государственным интересам». Внешне все это, по рассказам, выглядело довольно устрашающе. Как пишет Н.И. Павленко, царь, на встрече с иерархами церкви уяснив, что они хотят избрать патриарха, поднял Духовный регламент и заявил: «Вы просите патриарха — вот вам духовный патриарх!» А на ропот недовольных он обнажил кортик и со словами: «А противомыслящим вот булатный патриарх», — ударил им в стол.