Весной 1942 г. первое издание его "Основ общей психологии" было удостоено Государственной премии по представлению ряда психологов, а также выдающихся ученых В.И.Вернадского и А.А.Ухтомского, издавна и глубоко интересовавшихся проблемами психологии, философии и методологии, внесших свой оригинальный вклад в развитие этих наук и высоко оценивших философско-психологический труд С.Л.Рубинштейна.
Осенью 1942 г. Рубинштейн был переведен в Москву, где возглавил Институт психологии и создал кафедру и отделение психологии в Московском государственном университете. (В 1966 г. на базе этого отделения А.Н.Леонтьев организовал факультет психологии МГУ.) Сюда в 1943–1944 гг. Рубинштейн пригласил на работу не только своих ленинградских учеников — М.Г.Ярошевского, А.Г.Комм и др., но и сотрудников А.Н.Леонтьева — П.Я.Гальперина и А.В.Запорожца, по-прежнему успешно координируя коллективную творческую работу многих психологов из разных учреждений и научных школ.
В 1943 г. Рубинштейн избирается членом-корреспондентом АН СССР и становится в ней первым представителем психологической науки. По его инициативе и под его руководством создается в 1945 г. в Институте философии АН СССР сектор психологии — первая психологическая лаборатория в Академии наук СССР. В том же 1945 г. он избирается академиком Академии педагогических наук РСФСР. Все это результат большого и заслуженного признания его "Основ общей психологии" (1940).
Особенно широкие перспективы для его новых творческих достижений открылись весной 1945 г., после победы над фашистской Германией. В 1946 г., когда вышло второе, существенно доработанное и расширенное издание "Основ общей психологии", С.Л.Рубинштейн уже правил верстку своей новой книги — "Философские корни психологии". Эта книга по философской глубине намного превосходила "Основы…" и знаменовала принципиально новый этап в дальнейшей разработке деятельностного подхода. Она должна была выйти в свет в издательстве Академии наук СССР и, казалось, ничто этому не могло помешать. Тем не менее набор был рассыпан, и это было лишь начало грозы, разразившейся в 1947 г., когда С.Л.Рубинштейн был обвинен в космополитизме, т. е. "преклонении перед иностранщиной", в недооценке отечественной науки и т. д. В течение 1948–1949 гг. его сняли со всех постов; воистину "большие деревья притягивают молнию".
Началась серия "проработок", обсуждений, точнее, осуждений "Основ общей психологии" (в Институте философии АН СССР, в Институте психологии Академии педагогических наук РСФСР и т. д., на страницах газет и журналов "Вопросы философии", "Советская педагогика" и т. д.). При первом обсуждении, проходившем в Институте философии с 26 марта по 4 апреля 1947 г., Рубинштейну и тем немногим, кто его поддерживал, удалось как-то "отбиться". Отчасти помогло заключительное слово Б.М.Теплова. Однако все последующие "проработки" ознаменовали полный разгром психологами и философами "Основ общей психологии" и представленного в них деятельностного подхода. Одним из итогов таких "обсуждений" стала разгромная рецензия на оба издания "Основ общей психологии", написанная П.И.Плотниковым и опубликованная в журнале "Советская педагогика" в 1949 г. (почти накануне 60-летия Рубинштейна). Рецензия заканчивалась следующими, прямо-таки зловещими словами: "Книга С.Л.Рубинштейна оскорбляет русскую и советскую науку в целом, психологию в частности и отражает "специализированное преломление" его лакейской сущности. Чем скорее мы очистим советскую психологию от безродных космополитов, тем скорее мы откроем путь для ее плодотворного развития".