Что дает применение функционально-генетического принципа к решению задач построения системы психологии? Во-первых, он интегрирует оба этапа развития психики — у животных и человека. При этом функциональный аспект психики человека конкретизируется через деятельность. Не поведение (в бихевиористском смысле), а именно функционирование оказывается для Рубинштейна категорией, позволяющей раскрыть непрерывность двух качественно различных этапов развития психики (животных и человека). И это крайне важно для критики бихевиористской традиции в психологии, которая сумела даже павловское учение об условных рефлексах как несомненно функциональную концепцию подвести под поведенческую, сведя условные рефлексы к внешним проявлениям (в поведении). Во-вторых, функционально-генетический принцип позволяет через понимание развития как развития функции и структуры описать в единых категориях психофизиологическую характеристику психики, с одной стороны, и отражательно-деятельностную — с другой. Надо сказать, что вторая задача применения функционально-генетического принципа встала перед Рубинштейном позднее, в 50-е гг., когда так называемая Павловская сессия Академии наук СССР и Академии медицинских наук СССР (1950) потребовала от психологии отказа от специфики своего предмета, когда возникла опасность полной физиологизации психологии.
Психофизиологическая проблема анализируется в "Основах общей психологии" в категориях мозговых структур и их функций, что позволяет дать психофизиологическую конкретизацию принципа развития (как единого и для уровня отражательно-деятельностного функционирования психики). Вместе с тем, критикуя концепцию функциональной локализации (как одну из теорий соотношения структуры и функции), Рубинштейн развивает важнейшую идею о том, что в эволюционном ряду соотношение структуры и функции изменяется в пользу последней. "Чем филогенетически древнее какой-либо "механизм", тем строже его локализация", а чем дальше по филогенетической лестнице, тем более статическая локализация сменяется динамической и системной, т. е. в осуществлении одной и той же функции участвуют практически все крупные зоны коры. "Вопрос о функциональной локализации должен разрешаться по-разному для разных генетических ступеней — по одному для птиц, по-другому для кошек и собак и опять-таки по-иному для человека".