Значение Мичурина в области переделки растительного мира тем более велико, что он взял наиболее трудный предмет исследования — многолетнее плодовое растение, оставляющее на много лет скрытыми результаты упорного труда селекционера.

Открыв на основе своих опытов закон индивидуального (онтогенетического) развития растений, Мичурин вложил в руки селекционеров оружие для управления этим развитием. Он разработал свои, мичуринские методы, которые позволяют развивать полезные признаки в растении: ускорять или замедлять время созревания, повышать урожайность, засухо- и холодоустойчивость, увеличивать лежкость плодов, улучшать вкус и технологические качества плодово-ягодной продукции.

Мичурин разработал свой метод «подбора растений-производителей для скрещивания», скрещивая растения близких видов, но различных климатических и географических полос, Мичурин получал потомство, которое лучше приспосабливалось к новым условиям существования, сохраняя ценные качества родителей (зимостойкость, урожайность, вкус). Так Мичурин получил свой замечательный сорт зимней груши «бере зимняя Мичурина», скрестив дикую уссурийскую грушу (материнское растение) и французскую грушу «бере рояль». Так же были получены прекрасный сорт вишни «краса севера», многие сорта винограда и т. д.

Метод «посредника». Желая скрестить далекие в родственном отношении растения, например грушу с рябиной, вишню с черемухой, малину с ежевикой, которые представляют собой различные ботанические виды, Мичурин сначала скрещивал между собою два сорта груши и два вида рябины и уж полученные от них гибриды, например молодой гибрид груши и молодой гибрид рябины, вновь подвергал скрещиванию. Эти молодые гибриды и были «посредниками». Молодые, еще не сформировавшиеся гибриды-«посредники» гораздо легче скрещиваются между собой, чем чистые виды.

Метод «применения смесей пыльцы». Для облегчения тех же отдаленных скрещиваний Мичурин часто прибегал к разработанному им методу опыления смесью пыльцы двух или нескольких видов. Так, например, взяв для выведения нового сорта розы в качестве материнского растения розу «ругоза», а в качестве отцовского растения две розы — розу «лутеа» и розу «бифера», Мичурин смешал пыльцу этих двух видов отцовских производителей и получил новые сорта роз (при опылении пыльцой только одного из этих видов роз скрещивания не удаются). Пользуясь этим методом, помощники и ученики Мичурина теперь получают вишне-черешневые, сливо-абрикосовые и миндале-персиковые гибриды.

Метод «ментора». Этот метод — один из лучших в деле управления развитием растения. Он состоит в прививке к молодому гибридному растению либо черенков его производителей (материнского и отцовского растений), либо черенков других сортов. При недостаточной выносливости к морозам молодого гибридного растения Мичурин прививал в нижние ветви кроны черенки зимостойких сортов, которые передают всему растению зимостойкость. При ненормально запоздалом плодоношении нового сорта Мичурин прививал черенки того сорта, который отличается ранним вступлением в пору плодоношения. При невысокой урожайности молодого гибридного растения Мичурин прививал черенки с плодовыми почками какого-либо сорта, отличающегося обильной урожайностью.