Сайго вместе с другими недовольными самураями в знак несогласия вышел из правительства, и с этого времени вплоть до своей героической смерти в сацумском мятеже Сайго жил «подобно тигру в собственном логове»; даже подымая оружие, он считал, что выступает не против императора, которого искренне любил, а против того, что представлялось ему «заговором, посягающим на истинные народные интересы, против олигархии, использующей имя императора и его престиж, чтобы оправдать собственный деспотизм». Находясь в Сацуме, Сайго сделал классические воинские дисциплины первым предметом в программе обучения для своих «частных школ», сигакко, где целью обучения было научиться защищать императорскую власть от козней токийского правительства. Сайго не был ни государственным деятелем, ни выдающимся полководцем. Но его харизматическая личность привлекала молодежь повсюду, и не было преувеличением, когда говорили, что «пятьдесят тысяч самураев собрались вокруг него, готовые отдать собственные жизни по одному его слову».

В своем неутомимом желании превратить Японию в могучее и процветающее государство самурайские лидеры Мэйдзи считали необходимым установление централизованной формы правления. А это потребовало прежде всего ликвидации ханов, удельных владений. Это был смелый шаг, и в общем-то он вряд ли мог найти поддержку у сословия даймё и самураев. Кидо выступил как агитатор. Он умолял даймё «благоразумно отказаться от своих ханов», ибо государственное устройство «делает невозможным оставить для частных нужд хоть пядь земли». Доводы Кидо, подкрепленные либеральными решениями финансовых и наследственных проблем со стороны правительства, склонили даймё на его сторону, и в 1871 году все ханы уступили место префектурам, находящимся под юриспруденцией центрального правительства.

Ликвидация удельных владений, ханов, привела к неизбежному перемещению из исконных мест многих частных школ классического военного искусства, находившихся под покровительством удельного князя даймё. Немало таких школ умерло, потеряв поддержку, а выжившие сохранились в двух ипостасях: 1)Наподобие школы Араки-рю маньчжурского происхождения в Этидзэне (ныне префектура Фукуи), малочисленной сплоченной группы, не афиширующей свою деятельность, и 2)вроде школы Сэкигути-рю, ранее покровительствуемой одной из ветвей рода Токугавы, в Овари (ныне префектура Айти), разбитой на многочисленные филиалы, каждый из которых включал довольно большое число членов. Наряду с этим были и классические рю, не связанные с каким-либо уделом, наподобие Тэнсин Сёдэн Катори Синто-рю и Касима Синто-рю. Помимо классических рю получили развитие новые, но ни одна из новоявленных школ не могла даже надеяться сравняться с более старыми, классическими рю в технике владения боевым искусством; это и были так называемые современные, родственные классическим рю.

Ликвидация ханов коснулась судеб примерно двух миллионов самураев. Далеко идущие финансовые реформы угрожали потерей наследственного самурайского жалованья. Но и другие социальные реформы толкнули всех оказавшихся не у власти самураев в ряды тех консерваторов, кто жаждал возвращения традиций средневекового рыцарства. Сословные различия между даймё, самураями и простолюдинами в соответствии с родовитостью предков номинально сохранились, но сословные привилегии фактически были ликвидированы в 1871 году.