К середине 1938 года в военной разведке произошли большие перемены. Большинство начальников отделов и отделений и все командование управления были арестованы. Репрессировали без всяких оснований опытных разведчиков, владевших иностранными языками, выезжавших неоднократно в зарубежные командировки. Их широкие связи заграницей, без которых немыслима разведка, в глазах невежд и политиканствующих карьеристов явились «корпусом деликти» — составом преступления — и послужили основанием для облыжного обвинения в сотрудничестве с немецкой, английской, французской, японской, польской, литовской, латвийской, эстонской и другими, всех не перечислишь, шпионскими службами. Целое поколение идейных, честных и опытных разведчиков было уничтожено. Их связи с зарубежной агентурой прерваны.
В результате сталинской «чистки» почти вся разведывательная сеть за рубежом была ликвидирована. К немногим, действующим нелегально, сотрудникам относились с подозрением. Даже донесениям таких суперразведчиков, как Рихард Зорге, не верили, считая их двойными агентами, предателями, провокаторами. Сообщения о подготовке фашистской Германии к войне, начавшие уже в то время поступать в Центр, рассматривались как инсинуации британских спецслужб, преследовавшие цель столкнуть нас с немцами.
На должности начальника управления и руководителей отделов приходили новые, преданные родине командиры. Но они были абсолютно не подготовлены решать задачи, поставленные перед разведкой. В Центральном комитете партии считали, что в разведке, как, впрочем, и повсюду, самое главное пролетарское происхождение, все остальное может быть легко восполнено. Такие мелочи, как понимание государственной политики, уровень культуры, военная подготовка, знание иностранных языков, значения не имели. Это давало возможность проникать к руководству нашей «интеллигентной службой» случайным людям, ставящим корыстные, карьеристские интересы выше государственных, или просто добросовестным невеждам. Из них особенно отрицательно проявил себя И.И.Ильичев. Будучи начальником политотдела управления, он рассматривал как потенциальных «врагов народа» всех старых сотрудников разведки, а созданную ими агентурную сеть полностью враждебной и подлежащей поэтому уничтожению.
Уже в середине 1938 года перед руководством управления во весь рост встала настоятельная задача подготовить новые кадры зарубежной агентуры, но для этого требовались годы упорной работы. Очевидно, наши начальники не вполне понимали это. Да у них и не было достаточно времени, чтобы использовать свои способности и возможности. В период с 1937 по 1941 год, как в калейдоскопе, мелькали руководители «секретной» службы РККА Берзин, Урицкий, вновь Берзин, Никонов, Орлов, Гендин, Проскуров, Ильичев, Голиков, Панфилов и опять Ильичев. За четыре года девять человек сменили один другого на должности, требующей, как нигде, преемственности, громадного объема конкретных знаний, авторитета в армии. Отсутствие у тех, кто занимал руководящие посты в разведке, уверенности в том, что они не будут завтра арестованы как «враги народа», парализовывало инициативу, создавало атмосферу перестраховки, желание оградиться визами и резолюциями руководства НКО и других директивных инстанций, тормозило работу, вызывало недоверие к получаемой из-за рубежа информации.