Норфолк был арестован и посажен в лондонский Тауэр — тюрьму для государственных преступников, где его сторонники пытались поддерживать с ним сношения, пересылая записки в винных бутылках.
Поднятое на севере католическое восстание было подавлено. Тысячи участников восстания были повешены без всякого суда. Берли приказал, чтобы тела повешенных висели «до тех пор, пока они не развалятся на куски». Главари восстания графы Уэстморленд и Нортумберленд укрылись в Ирландии. Правда, их ближайший советник сэр Роберт Констебл стоял за возвращение в Англию. Он убеждал Уэстморленда, что его наверняка помилуют. Граф Уэстморленд, конечно, не знал, что Констебл был шпионом Берли, уполномоченным истратить крупную сумму — 1000 ф. ст. для поимки руководителя католиков на севере. Тем не менее Уэстморленд предпочел бежать в Испанию. Нортумберленд через два года вернулся в Англию и сложил голову на плахе, а Норфолк, против которого не имелось прямых улик, был пока выпущен из Тауэра, но оставлен под домашним арестом.
Однако заговорщики продолжали действовать. Папа римский Пий V в специальной булле отлучил Елизавету от церкви, к которой она, впрочем, и не принадлежала, будучи протестанткой, объявил королеву Англии низвергнутой с престола. Главой заговорщиков стал шотландский католический епископ Росский Джон Лесли. Он принадлежал к числу придворных Марии Стюарт, которых ей разрешили сохранить при себе. Официально Лесли считался послом шотландской королевы в Англии. Другим важным участником заговора был итальянский банкир Ридольфи, являвшийся одновременно агентом папы, Филиппа II и его наместника в Нидерландах кровавого герцога Альбы. (Поэтому позднее стали говорить о «заговоре Ридольфи».) Итальянец заручился согласием Норфолка содействовать испанскому вторжению в Англию. Герцог обещал поднять восстание и держаться 40 дней против королевских войск, если ему дадут денежную субсидию и обязуются поддержать его высадкой вспомогательной испанской армии численностью 6 тыс. человек.
Ридольфи побывал во Фландрии у герцога Альбы, в Мадриде и Риме. Альба, правда, был настроен скептически, считая, что тайна, в которую уже посвящено слишком много людей, не может быть сохранена и что это обрекает на неуспех планы заговорщиков. Он рекомендовал Филиппу II подумать об устранении Елизаветы путем убийства. После этого Ридольфи направил Байи с шифрованными письмами к Лесли, Норфолку и еще одному заговорщику — лорду Лэмли. Байи вез и тщательно припрятанный ключ к шифру, а также напечатанное во Фландрии сочинение Лесли «Защита чести Марии, королевы шотландской», в котором недвусмысленно выдвигались ее права на английский престол.
Вот с каким опасным грузом задержали Байи дуврские таможенники. Уже провоз мятежных книг на английском языке представлял собой достаточное основание для ареста. Фламандца вместе со взятыми у него письмами и бумагами под охраной отослали в резиденцию губернатора южных портов лорда Уильяма Кобгема. По дороге Байи удалось послать Лесли весть о своем аресте.
При осмотре писем выяснилось, что в них не указаны фамилии адресатов, а лишь выставлены цифры 30 и 40. Байи утверждал, что его попросили перевезти письма и что ему не известны ни шифр, ни значение этих цифр. Однако вскоре был обнаружен шифр — его отыскали, разрезав подкладку камзола Байи. Таким образом, в руки Кобгема попали нити опаснейшего заговора, который сплела контрреформация против правительства Елизаветы. Губернатор, которому было еще не известно, что скрывалось за цифрами 30 и 40, намеревался немедля доставить захваченные бумаги лорду Берли. Услышав об этом, Байи как-то странно посмотрел на присутствовавшего при допросе родного брата губернатора Томаса, который недавно втайне принял католичество. Тот понял значение этого взгляда и сказал, что если эти бумаги попадут к Берли, то герцог Норфолк — конченый человек. Однако ни Томас, ни Байи не осмелились разъяснить Кобгему, почему адресаты, помеченные таинственными цифрами 30 и 40, затрагивают могущественного герцога. Губернатор решил ехать к Берли.