Чрезвычайно важным орудием для выпытывания сведений, которые желала получить церковь, оказался аппарат инквизиции, особенно в Испании, где она получила наибольшее развитие. Система слежки за «еретиками» (а в склонности к ереси подозревалась значительная часть населения страны, и вообще мало кто был огражден от возможности быть зачисленным в разряд подозрительных), требования доносить на соседей, на знакомых, даже на родных, многочисленные аресты и допросы под пыткой — все это давало инквизиции возможность получать сведения не только об уклонении от «истинной веры», но и обо всем, что хотелось узнать святым отцам.

Однако еще большую роль в развитии церковной разведки сыграл основанный в первой половине XVI в. орден иезуитов — «Компания (Общество) Иисуса», как они себя называли. Орден был создан прежде всего для борьбы против успехов Реформации. Членами ордена становились, как правило, тщательно отобранные люди, обученные беспрекословному, слепому повиновению вышестоящим лицам (по выражению основателя ордена Игнатия Лойолы, каждый иезуит должен был быть подобен трупу в руках духовного начальника). Иезуит к тому же был обучен всем приемам духовного воздействия на верующих мирян и всем уловкам, позволяющим пускать в ход и оправдывать любые средства борьбы — ложь, клевету, яд или кинжал убийцы.

Устав и правила иезуитов были специально направлены на то, чтобы превратить их в ревностных проповедников и агентов католицизма, при этом нередко агентов тайных или действующих с помощью создаваемой ими секретной службы. Очень часто исповедник короля или глава иезуитской семинарии был по существу — употребляя термины последующей эпохи — резидентом, которому подчинялась обширная сеть осведомителей, или главой шпионской школы. Да, школы, готовившей не столько проповедников, сколько священников, прослушавших курс общих религиозных и специальных разведывательных «наук» и ставших вполне подготовленными шпионами или диверсантами. Часто проповедник и разведчик совмещались в одном лице. Иногда иезуитский шпион обходился и без «проповеднического прикрытия».

Агентами ордена могли быть как его члены, так и светские лица. Как правило, сами иезуиты действовали лишь как тайная направляющая сила, пытаясь совершать наиболее темные дела чужими руками. Порой лазутчики «Общества Иисуса» строили козни прямо на территории противника, в других случаях они действовали исподтишка, через подставных лиц, сами оставаясь в католических странах, вне досягаемости своих врагов.

Так поступали, например, иезуиты, создавшие свои шпионские центры в занятой испанскими войсками части Нидерландов (в последней трети XVI и начале XVII в.). Иезуитские разведчики могли поддерживать то короля против знати, то знать против короля, даже разжигать народные волнения, тайно или явно проповедовать тираноубийство — в зависимости от целей, которые в данный момент и в данной стране преследовал орден.

Иезуиты приветствовали и поддерживали попытки установления в Европе господства одной (конечно, католической) державы, считая, что создание подобной универсальной монархии будет сопровождаться торжеством католицизма над Реформацией. Во второй половине XVI и в начале XVII в. орден поэтому всеми силами поддерживал притязания испанских и австрийских Габсбургов на европейскую гегемонию. «Общество Иисуса» нисколько не считалось с тем, что подобная перспектива серьезно нарушала интересы других католических государей, дружественно относившихся к иезуитам, и что успеха этих планов страшился даже римский папа Сикст V (он боялся превратиться в простого духовного вассала испанского короля). К началу XVII в. выявился крах великодержавных планов Филиппа II и его преемников, а Тридцатилетняя война (1618—1648 гг.), по сути дела, покончила с притязаниями на гегемонию, которые продолжала выдвигать австрийская ветвь Габсбургов. Тогда иезуиты перенесли свои симпатии на Францию, в свою очередь начавшую претендовать на господствующее положение на Европейском континенте.