Однако полевое оборонительное строительство имело ряд существенных недостатков. Между батальонными районами оставлялись большие разрывы. Огневые точки нередко размещались без учета конкретных условий местности. Во многих случаях батальонные районы обороны намечались неудачно с тактической точки зрения. Например, в полосе 10-го стрелкового корпуса некоторые из них оборудовались всего в 200 м – 1,5 км от границы. Лишь в районе Швекшна они были отнесены от нее на 5 км. В полосе 8-й армии в полосе шириной свыше 20 км четыре батальонных района обороны были расположены между государственной границей и р. Минья, не использованной для организации на ней обороны. Как отмечал бывший начальник инженерных войск 11-й армии полковник С.М. Фирсов: «Передние огневые точки… в большинстве случаев находились в непосредственной близости от границы, в пределах десятков и сотен метров от нее (например, по р. Шешупе, служившей границей). Как эти точки, так и расположенные на удалении до 1–2 км, полностью просматривались противником… Некоторые из сооружений могли быть использованы в обороне, но они не имели гарнизонов, не было создано полевого усиления рубежей, каких-либо заграждений и препятствий перед ними. Начертание переднего края первой позиции УР непосредственно по границе вызывало сомнение в целесообразности такого решения… Отсутствие предполья позволяло немедленно обрушить всю мощь артиллерийского огня на сооружения и вслед за этим атаковать их без предварительной необходимости преодолевать полосу препятствий и заграждений»[25].

К этому необходимо добавить, что Военный совет округа только 15 июня 1941 г. обратился к начальнику Генерального штаба с просьбой ускорить отправку в Каунас и Шяуляй запланированных для округа 100 тыс. противотанковых мин, 40 тыс. тонн взрывчатки и 45 тыс. тонн колючей проволоки[26].

Сложной проблемой являлась организация управления войсками. По довоенным взглядам считалось, что основным средством связи является проводная. При этом войска должны были базироваться на гражданскую сеть Народного комиссариата связи (НКС). Однако система связи в Прибалтике была развита слабо и приспособлена в основном для обеспечения местных нужд. Для устранения этих недостатков НКС планировал построить на территории округа новые линии и узлы связи, однако к началу войны строительство этих объектов было далеко от завершения. В результате в распоряжение 8-й и 11-й армий было выделено только по одной линии связи, притом без обходных направлений[27]. Имевшиеся же узлы связи находились в населенных пунктах и не были защищены от ударов авиации противника. Линии связи проходили вдоль шоссе и железных дорог и также были очень уязвимы в случае войны. Подземные линии связи отсутствовали.

Тыловое обеспечение боевых действий с началом войны должно было осуществляться с 45 различных складов, которые по организации и оснащению были очень несовершенны. В основном они были стационарными, привязанными к железным дорогам и не имели необходимого количества транспорта и специального оборудования.