3-е отделение (оперативно-справочное): исполнение запросов центральных партийных и советских органов, периферийных органов НКВД, НКГБ, прокуратуры, суда и других учреждений, о проверке по централизованному учету преступников (в связи с вербовкой, агентурной разработкой, арестом, спецпроверкой, по разрешительной системе, о судимости и др.).

4-е отделение (исполнение решений Особого совещания):

а) учет следственных дел, поступающих из органов НКГБ, НКВД, 3-х управлений НКО и НКВМФ на рассмотрение Особого совещания при НКВД СССР;

б) оформление документов на исполнение решений Особого совещания;

в) контроль за исполнением решений Особого совещания местными органами НКВД.

5-е отделение (оперативная статистика): составление цифровых сведений о количестве и движении арестованных, содержащихся в местах заключения по всему Советскому Союзу, об административно-ссыльных, высланных, спец. и труд, поселенцах.

6-е отделение (контрольное):

Контроль:

а) за законным содержанием заключенных в тюрьмах, исправительно-трудовых лагерях, колониях, КПЗ и своевременным освобождением их по отбытии наказания;

б) за своевременным исполнением определений верховных судов о досрочном освобождении заключенных;

в) за правильной организацией агентурно-следственного делопроизводства в органах НКВД;

г) за правильной организацией хранения и использования архивно-следственных дел органов милиции, прокуратуры и суда, сосредотачиваемых в Главном архивном управлении и его местных органах;

д) за своевременной доставкой осужденных из лагерей для оперативных нужд органов НКВД, НКГБ, 3-х управлений НКО и НКВМФ, прокуратуры и суда.

7-е отделение (розыскное):

а) организация всесоюзного розыска преступников, скрывшихся от суда, следствия, агентурного наблюдения и бежавших из мест заключения, независимо от характера, места и времени совершения преступления и побега;

б) организация всесоюзного розыска других лиц, скрывающихся от органов власти: покинувших самовольно спец. и труд, поселки, скрывшихся из ссылки, высылки, дезертиров, военнопленных и других;

в) контроль за работой местных органов НКВД по розыску преступников.

8-е отделение (учет заявлений):

а) учет и направление на рассмотрение заявлений от осужденных, содержащихся в тюрьмах, исправительно-трудовых лагерях и колониях;

б) контроль за рассмотрением заявлений в органах НКВД

в) выдача справок об осужденных гражданам, обращающимся в НКВД СССР.

9-е отделение (общий архив):

а) прием, учет и распределение по отделениям архива поступающих в архив дел и корреспонденции;

б) организация оперативного использования архивных материалов;

в) читальный зал;

г) реставрационная лаборатория.

10-е отделение (следственный архив):

а) систематизация, хранение, оперативно-тематическая и техническая обработка следственных дел органов ВЧК — ОГПУ — НКВД — НКГБ, 3-х управлений НКО и НКВМФ с № 1 по № 620.000;

б) выдача справок по делам и дел для оперативных органов НКГБ, НКВД, 3-х управлений НКО и НКВМФ, прокуратуры и суда;

в) контроль за возвращением выщанных из архива дел.

11-е отделение (следственный архив):