Кабину на первых порах оценивали как тесную, позже положительно стали относиться к рациональности расположения арматуры и приборов, особенно освоив выгоды использования прицельной системы «Сокол», облегчавшей работу лётчика и навигацию. Однозначно первоклассным оценивали прицел, продуманный и удобный в работе, автоматика которого значительно повышала точность попадания. Непривычными были и многие новые приборы практичные и удобные в эксплуатации — командно-пилотажный прибор КПП, заменивший стоявший на Су-7 авиагоризонт АГД-1, и навигационно-пилотажный НПП вместо «суховского» указателя курса УГР-4У из комплекта курсовой системы истребителя КСИ.
При пилотировании приходилось принимать во внимание особенности устойчивости и управляемости машины. Если Су-7 предупреждал о выходе на предельные углы резкой тряской, то МиГ-23БН при сложенном крыле сваливался резко и без предварительных признаков, тут же переходя в штопор. При выпущенном крыле выход на минимальные скорости сопровождался плавной раскачкой, причём на движения ручки и педалей самолёт при этом не реагировал. Контролировать его поведение на таких режимах следовало, следя за указателем угла атаки и сигнализацией. На практике эти меры носили предупредительный характер — штопор как фигура пилотажа разрешался строевым лётчикам разве что на МиГ-15 и МиГ-17, а на сверхзвуковых самолётах, включая и Су-7, допускался только испытателям высокой квалификации. В обычной боевой подготовке само попадание на грань сваливания, не говоря уже о штопоре, рассматривалось как предпосылка к лётному происшествию с неизбежными «оргвыводами».
Кинематика основных стоек, после других машин казавшаяся избыточно сложной, действовала исправно. Однако сама конструкция с множеством сварных швов, работавшая на изгиб, принесла в эксплуатации несколько случаев усталостного разрушения. Трещины по сварке постепенно подтачивали стойку, и руливший или буксируемый самолёт внезапно оседал набок. Качество сварки пришлось улучшать, а в частях в парковые дни обязательно вводился контроль состояния швов по стойкам.
Новый самолёт за свои характерные обводы получил прозвище «крокодил Гена» или «утконос». В обслуживании МиГ-бомбардировщик оказался во многом удобнее давно отработанного и доведённого Су-7. Он имел более низкую «посадку», позволяя добраться к большинству агрегатов с земли. Снятие панелей открывало просторные подходы к блокам КН-23, РЭО, лазерному дальномеру и помеховой станции. Из закабинного отсека часть оборудования извлекалась вместе с крышкой, а другая целиком поднимались с «этажеркой». На Су-7, пытаясь добраться к агрегатам, техники удивлялись — как их туда втиснули при монтаже через узкие лючки, а во многих местах со стеснёнными подходами вообще приходилось работать на ощупь.
