Определившись с преимущественно ударным назначением самолёта, для которого большая скорость и потолок не являются особо значимыми, ими решили пожертвовать ради облегчения конструкции, поскольку планируемое увеличение боевой нагрузки и установка дополнительного оборудования были связаны с неизбежным утяжелением машины. Регулируемые воздухозаборники, доставшиеся МиГ-23Б от истребительных вариантов «двадцать третьего», на МиГ-23БМ заменили облегчёнными нерегулируемыми. Отказ от подвижного клина и системы управления им сэкономил около 300 кг. Площадь воздухозаборников заметно увеличилась с округлением контура, а для улучшения условий работы на дозвуковой скорости их передние кромки притупили.

Прицельная система на базе аналогового вычислителя к этому времени уже устарела, не обеспечивая должной точности и требуя от лётчика избыточного напряжения в полёте при выполнении множества операций. Уже существовали образцы цифровой техники нового поколения, о возможностях которой конструкторы микояновского ОКБ имели представление отнюдь не из популярной технической литературы, пропагандировавшей в те годы перспективы «электронного мозга». Полученный в начале 1970-х гг. положительный опыт работы с бортовыми цифровыми вычислительными машинами «Орбита» на разведчиках МиГ-25РБ решили использовать при создании нового прицельно-навигационного комплекса (ПрНК). Разработчиком комплекса являлось Ленинградское ПО «Электросила», налаженные связи с которым позволяли конструктивно решать возникавшие вопросы, а их предвиделось немало: госиспытания Су-24, на котором использовалась ПНС-24 «Пума» на базе ЦВМ, шли с большими трудностями и затянулись на 4,5 года. Однако ставка на высокоэффективный комплекс электроники давала МиГ-23БМ преимущества перед новыми модификациями истребителей-бомбардировщиков Сухого: в основу прицельной системы готовившегося к испытаниям Су-17М2 закладывались навигационный комплекс КН-23, лазерный дальномер «Фон» и прицел АСП-17, являвшиеся для микояновцев уже пройденным этапом.