Унаследованные от истребителя особенности компоновки МиГ-23Б и положение точек подвески обусловили не очень удовлетворительное размещение ракетного вооружения. Снарядить блоки НАР на передних подфюзеляжных узлах мешали стойки шасси, из-за чего пришлось внести изменение в инструкцию, запрещавшую ранее подвешивать уже заряженные блоки. Ракеты С-24 на этих узлах находились в опасной близости от подвесного бака, который мог быть повреждён мощным факелом ракетного двигателя, и перед стрельбой его следовало сбросить. А Х-23 с соплами, размещёнными по бокам, при пуске вообще могли прожечь тонкостенный бак, из-за чего их приходилось вешать только под крыло. Однако и при пуске с подкрыльевых держателей ракеты сходили всего в полуметре от среза воздухозаборников, оказывавшихся в горячей волне пороховых газов, грозившей помпажем и остановкой двигателя. Для увеличения опасно близкого расстояния и подфюзеляжные, и подкрыльевые держатели пришлось установить с небольшим развалом в стороны, отклонив наружу на 6°. Для предотвращения помпажа была введена автоматика отсечки топлива (АОТ), при нажатии на боевую кнопку на несколько секунд переводившая двигатель на «малый газ», а через 2,4–5 с после схода ракет с направляющих он снова выходил на режим. При стрельбе из пушки и пуске НАР опасных явлений не возникало, хотя сход тяжёлых С-24 и ощущался «просадкой» оборотов и минутным повышением температуры.

По окончании испытаний опытные образцы МиГ-23Б оставались на лётной базе ОКБ в Жуковском и использовались при отработке оборудования и систем новых модификаций. Опытные экземпляры, проходящие сложные испытательные программы, часто имеют короткий век. Судьба образцов МиГ-23 в этом отношении сложилась удачно: и истребитель «23–11/1», и ударный «32–24/1» прошли весь цикл испытаний без аварий и серьёзных поломок. Самолёт «23–11/1», отлетавший более 200 часов, в июне 1971 г. передали в Музей ВВС в Монино. Первый опытный «32–24/1» долгое время служил в качестве летающей лаборатории, выполнив последний полет 24 июня 1976 г. После выработки ресурса его передали в школу младших авиационных специалистов (ШМАС) на юго-западе Москвы в качестве наглядного пособия; впоследствии он стал экспонатом ныне совершенно заброшенного авиационного музея на Ходынском поле.

В 1971–1972 гг. на базе МиГ-23Б разрабатывался, но не был реализован проект фронтового разведчика МиГ-23Р с фотоаппаратами в носовой части фюзеляжа. В закабинном отсеке планировалось размещать сменное разведывательное оборудование — станции радиотехнической, тепловой или телевизионной разведки. На бумаге остался и проект «32–24УБ» — учебно-тренировочный вариант истребителя-бомбардировщика.

Ещё до окончания испытаний МиГ-23Б началась подготовка к его серийному производству. Его наладили на московском заводе «Знамя труда», где строили истребители МиГ-23. Освоение истребителя-бомбардировщика в производстве происходило без особых проблем. Основные технологии, материалы и конструктивные новшества были отработаны в ходе выпуска истребителей МиГ-23С, сходных по планеру. В агрегатно-сборочных цехах добавились только стапеля сборки новой носовой части и общей сборки фюзеляжа, а также баков № 1А и № 4, которые истребители ранних серий не имели (одновременно бак-отсек № 4 внедрялся на запускаемом в производство МиГ-23М).