На среднем государственном или ведомственном уровне осуществляются руководство инновационным процессом по отраслям и видам исследований, формирование долгосрочных инновационных программ, выбор исполнителей на основе конкурса, заключение контрактов от имени правительства, оперативный контроль выполнения и внутриведомственная кооперация. Органами государственного регулирования инновационной деятельности в США на этом уровне являются министерства обороны, энергетики, здравоохранения и сельского хозяйства, а также Национальное космическое агентство (НАСА), Агентство по охране окружающей среды, Национальный научный фонд (ННФ), который курирует фундаментальные исследования. Национальный научный фонд в соответствии со своим статусом выступает основным федеральным ведомством, призванным содействовать росту научного потенциала страны и совершенствованию методов проведения фундаментальных исследований. Для ННФ в отличие от остальных министерств и ведомств основной задачей является развитие фундаментальной науки. Кроме того, ННФ регулирует сферу научных исследований путем стимулирования в основном фундаментальных исследований, а также финансирования крупных прикладных программ научных исследований и программ подготовки кадров.
На нижнем государственном или институциональном уровне непосредственно ведутся научные исследования в государственных или смешанных (частно-государственных) лабораториях и осуществляется текущее, оперативное выполнение программ.
Государственные лаборатории финансируются соответствующими ведомствами и работают в основном на эти ведомства. Отметим, что отсутствует единый для всех ведомств порядок финансирования; ни один из существующих органов государственного управления на среднем уровне не обладает раз и навсегда установленными полномочиями и функциями.
Особую роль среди организаций, выполняющих государственные заказы, играют смешанные федерально финансируемые центры (лаборатории) исследований и инновационных разработок. Они пользуются государственными бюджетными ресурсами, но управляются университетами (22 центра) и частными корпорациями (8 центров). К основным научным учреждениям относятся: университеты и колледжи, государственные НИИ и лаборатории, частные НИИ, работающие по заказу, научные центры, промышленные лаборатории (НИИ), бесприбыльные корпорации, научно-производственные комплексы (временные), исследовательские консорциумы для совместной реализации принципиально новых инновационных проектов.
В Великобритании структура управления и организационные формы инновационной деятельности примерно аналогичны функционирующим в США. При этом разница имеется лишь в структуре организационных форм и некоторых их функциях. Так, организационная структура управления инновационным процессом состоит из следующих элементов: университетов и политехнических институтов, государственных НИИ и лабораторий (отраслевых), исследовательских ассоциаций, НИИ, работающих по заказу, НИИ и лабораторий корпораций и фирм. Если для США характерны бесприбыльные корпорации и исследовательские консорциумы для осуществления крупных инновационных проектов общими усилиями частных компаний, то в Великобритании получили развитие исследовательские ассоциации по отраслям или видам продукции, например Британская исследовательская ассоциация по керамике и Национальная корпорация развития исследований, оказывающая помощь изобретателям-одиночкам в эффективном использовании изобретений (новшеств) и выполняющая отдельные инновационные проекты.