Однако в конце XIX — начале XX в. все еще продолжали оставаться нечетко выраженными предмет и задачи отдельных вспомогательных исторических дисциплин. Некоторые из них рассматривались в качестве прикладных по отношению к другим вспомогательным историческим дисциплинам: сфрагистика — как прикладная дипломатики, геральдика — как прикладная генеалогии. Хронология, находившаяся в процессе становления, часто рассматривалась в учебных курсах по палеографии. Разработка теоретических вопросов отличалась неравномерностью. Например, палеография развивалась преимущественно на источниках, написанных уставом и полууставом. Деловые бумаги, в том числе и частные акты, написанные скорописью, исследовались недостаточно. Не стали объектом исследования такие признаки бумаги, как клейма и штемпели. Неравномерно развивались отдельные разделы нумизматики. Серьезным недостатком нумизматического собирательства являлась недооценка монетного клада как комплексного нумизматического источника. Метрология ограничивалась преимущественно изучением древнерусских мер, сфрагистика проявляла больший интерес к печатям XVI–XVII вв., чем к печатям древним, причем изучались печати, сохранившиеся при документах. Что же касается печатей, найденных в земле, в отрыве от документов, то за неимением методик их обработки они еще не привлекли должного внимания исследователей. Введенные во 2-й половине XIX в. в научную практику формулы перевода дат все еще отличались громоздкостью и неудобством. Некоторые классификации печатей и монет нуждались в критической переоценке.

Разработка материала каждой из вспомогательных исторических дисциплин отличалась хронологической ограниченностью. Например, в курсах Н.С. Тихонравова, И.А. Соболевского, Е.Ф. Карского вопросы палеографии рассматривались главным образом до XVI–XVII вв. В учебнике по палеографии В.Н. Щепкина рассмотрение палеографических признаков ограничивалось преимущественно XVIII в. Не стали объектом должного изучения печати «моложе» XVI в.

Некоторые разработки в области вспомогательных дисциплин содержали ошибочные положения. Например, весовая метрология отрицала самобытное развитие русских единиц веса и утверждала, что славяне их заимствовали у арабов, греков, скандинавов. Факт раннего развития единиц и систем веса, в том числе гривны, у восточных славян еще до их контактов с Востоком, Византией и Скандинавией учеными-метрологами игнорировался. Противореча показаниям монетного материала о значительном дроблении денежных единиц, метрологи отрицали пестроту областных мер в период феодальной раздробленности. В генеалогии неверным был вывод об отсутствии письменных источников о родословных рабочих и крестьян и о невозможности восстановлении их генеалогии[29].

Заполнение белых пятен, уточнение ряда положений стало делом развития вспомогательных исторических дисциплин в последующий период. Интерес к вспомогательным историческим дисциплинам выразился в появлении учебных курсов, обобщивших материал нескольких вспомогательных исторических дисциплин[30]