Голос преподобного Иосифа не остался одиноким, епископ Нифонт и другие архипастыри поддержали его, и 17 мая 1494 г. Зосима вынужден был оставить первосвятительский престол. Но, несмотря на это, влияние жидовствующих по-прежнему пронизывало все слои придворной знати.

Между тем святитель Геннадий много сил отдавал заботам о просвещении паствы; задача эта приобретала особую важность в связи с растлевающим воздействием жидовствующих на умы. Для борьбы с ересями и для утверждения Православия нужны были просвещенные пастыри, и Новгородский святитель первым начал говорить о необходимости устроения училищ для духовенства. Но главным просветительским подвигом святителя Геннадия, безусловно, явилось вдохновленное им создание первого полного русского перевода библейских книг, оставшегося в истории русской культуры под именем “Геннадиевской Библии”(Публикация Геннадиевской Библии 1499 г. начата Издательским Отделом Московского Патриархата.). До этого на Руси не существовало полного свода книг Священного Писания, между тем, как отмечает святитель Геннадий в послании к Иоасафу Ростовскому, жидовствующие использовали искаженные списки. Несомненно, что в совершении грандиозного труда — сведении воедино исправных списков Священного Писания и переводе недостающих книг Библии на церковнославянский язык с древних неповрежденных текстов — промыслительную роль сыграла именно борьба с ересью жидовствующих.

Другой плод той же борьбы, сохраняющий и доныне немеркнущее значение для Русской Церкви и русской культуры — труд преподобного Иосифа Волоцкого, позже получивший навсегда закрепившееся за ним и удивительно точное название “Просветитель”. Как некогда святые отцы и учители древней Вселенской Церкви, противостоя ересям и ограждая паству от растлительного влияния богоборческих сил, изложили догматы Православия, — так святому Иосифу было возвещено Богом противостать лжеучению новых христоненавистников-жидовствующих и составить первый русский свод православного богословия. Опровергая жидовствующих, преподобный Иосиф коснулся всех важнейших сторон вероучения. “Просветитель” собрал в единое целое, подчиненное общей полемической задаче, фрагменты Священного Писания и святоотеческих творений, эпизоды из житий святых и из истории Церкви. Долгая жизнь “Просветителя”, который никогда не становился “забытой книгой” и дошел до нас во множестве любовно выполненных списков, свидетельствует о правоте автора, убежденного, что в этой книге “каждый, с помощью Божией благодати, без труда найдет все необходимое для обличения еретиков”; этой цели служил “Просветитель” на протяжении почти пятисот лет, ей может служить и теперь, в новом русском переводе.

Непреклонное мужество, стойкость, верность догматам Православия, проявленные святителем Геннадием, преподобным Иосифом, верными архипастырями, пастырями, иноками и мирянами Русской Церкви в сражении с жидовствующими еретиками, принесли свои плоды. Торжество еретиков, по милости Божией, продлилось недолго. Политическая расстановка сил изменилась после охлаждения великого князя к невестке Елене Стефановне и внуку Димитрию, замешанным в ереси, примирения его с женой Софьей Фоминичной в 1499 г. и удаления с политической сцены после 1500 г. Федора Курицына, который, занимая важный государственный пост, усыплял бдительность государя уверениями о том, что никакого жидовства нет, а есть лишь “невинное” угадывание судьбы по звездам. В 1503 г. Иоанн III покаялся в прежней слабости к еретикам и просил у духовных лиц прощения. В послании к андрониковскому архимандриту Митрофану преподобный Иосиф рассказывает, как он отвечал на просьбу великого князя о прощении: “Государь! Мне ли тебя прощать?.. Если ты подвигнешься на нынешних еретиков, то Бог простит тебя и за прежних”.