Станция «Чистые Пруды» в советские времена называлась «Кировская» в честь Сергея Мироновича Кирова, убитого в 1934 году, накануне пуска первого метропоезда. До сооружения перехода на станцию «Сретенский бульвар» у торцевой стены находился бронзовый бюст С. М. Кирова работы Матвея Манизера. Этот бюст прикрывал собой низенькую незаметную дверцу, считалось, что это вход в подземный бункер, вырытый во время войны. Сейчас бюст находится в переходе со станции «Сретенский бульвар» на станцию «Тургеневская».

Первоначально «Кировская» не имела центрального помещения, лишь у выходов располагалось два коротких аванзала для перехода между путями; в 1971 году она была реконструирована в трехсводчатую. В 1947-м на станции были установлены люминесцентные лампы — впервые в Московском метрополитене.

Во время Великой Отечественной войны на «Кировской» находились отделы Генерального штаба и ПВО страны. Станцию выбрали из-за ее глубины — 35 метров!

Ныне станция именуется по Чистым прудам, к которым выходит. Эти водоемы до 1703 года назывались Погаными и служили стоком отходов мясных боен, располагавшихся поблизости. В начале XVIII века эта местность была выкуплена Меншиковым, пруды вычищены и с тех пор стали называться Чистыми. Сейчас на месте усадьбы Меншикова находится Главпочтамт, построенный в 1912 году. От имения сохранилась церковь в Басманном переулке, прозванная Меншиковой башней; это самое раннее из сохранившихся зданий петровского барокко в Москве, и с ним связано множество легенд.

В 1723 году в башню ударила молния, и пожар полностью уничтожил верхнюю деревянную часть и обрушил колокола. Более полувека церковь простояла обезглавленной, пока за ее восстановление не взялся масон Гавриил Измайлов. С тех пор здание долго использовалось для масонских собраний и было восстановлено как храм лишь в 1863 году, когда по распоряжению митрополита Филарета со стен стерли оккультные символы и изречения.

«Лубянка» (бывшая «Площадь Дзержинского») тоже заложена глубоко — на 32,5 метра под землей. При открытии станция не имела центрального зала, но была полностью перестроена в 1970-е.

Станция и одноименная площадь обязаны своим именем переселенцам из Новгорода, обосновавшимся тут при Иване III и в конце XV века. Ими местность была названа в память старинной новгородской улицы Лубяница. В 1926–1990 годах станция метро называлась иначе: «Площадь Дзержинского». Она залегает рядом со страшными подвалами Лубянки, и мнительные люди утверждают, что «черная энергия, исходящая из подземелий кровавой гэбни», оказывает сильное негативное влияние на пассажиров метро. Возможно, поэтому именно здесь зафиксировано наибольшее количество суицидов.