Герман умышленно выбирал актёров, кинозрителю неизвестных. Лапшина блистательно сыграл Андрей Болтнев. На роль Окошкина помимо Алексея Жаркова пробовался другой актёр, но он тогда был очень занят в спектаклях, это и решило окончательный выбор. Для образа журналиста Ханина нужна была или долгая предшествующая биография, места для которой в фильме не было, или популярный актёр. На эту роль пробовались Анатолий Васильев, Александр Филиппенко, у них были интересные пробы, но выиграл состязание Миронов.

Непосредственно съёмкам картины предшествовала кропотливая подготовительная работа. Герман и его помощники разыскивали старых милиционеров, расспрашивали их, обзванивали знакомых и незнакомых, собирая любительские фотографии 30-х годов, скупали через комиссионные магазины подлинную одежду того времени, копались в архивах.

По словам Германа, ему всегда очень важно поймать в фильме интонацию рассказа. В «Лапшине» — интонация чеховская. Поэтому он решил перенести место действия из Ленинграда в маленький город: чем мельче городок, чем мельче начальник, тем более эта история будет печальнее и правдивее.

Интересно, что будущее место съёмок Герман нашёл в архиве. Увидел вырезку из газеты начала тридцатых годов со снимками деревянной арки, гипсовых пионеров у фонтана, с сообщением, что такие вот замечательные сооружения воздвигнуты в Астрахани. К счастью, все это ещё не успели снести. Художнику Юрию Пугачу осталось только украсить арку гирляндой лампочек, повесить портреты.

Готовясь к картине, Герман и его жена Светлана Кармалита целый месяц провели в тюрьмах, каждый день выезжали на допросы. Герман и его ближайшие помощники присутствовали при опознании убитых. Киношников оформляли понятыми.

Было и другое направление в подготовительной работе. Старых милиционеров, служивших в тридцатые годы, расспрашивали про методы их работы, про то, как заставляли преступников заговорить. Нашли начальника ленинградского угрозыска тех лет, ему было уже восемьдесят, от него много узнали, в том числе и про дело Тюрина и Соловьёва.

Поэтому, когда Герману говорили, что высокие чины из МВД собираются писать на него жалобу за «Лапшина», Алексей Герман отвечал: «Пусть лучше заботятся, чтобы у них сейчас всё было по закону, а за правду того, что у меня показано про 30-е годы, я ручаюсь. Я же не говорю, что так, как было, хорошо, я говорю, что так было».

Алексей Герман начал снимать со сцены опознания убитых в судебно-медицинском морге, с настоящим покойником, которого в кадре, правда, не было видно, но все участники съёмки могли испытать те же ощущения, что и герои. Актёрам это сыграть не помогло, они сфальшивили, сцена не получилась, её выбросили. А вот сцена в предбаннике морга, которой Герман в итоге тоже не воспользовался, получилась потрясающе.

Время было жестоким: окоченевшие трупы убитых, которые вытаскивают сотрудники угро из какой-то подземной щели, — тягостное тому свидетельство. Но именно тогда Лапшин произносит свою любимую фразу: «Ничего, вычистим землю, посадим сад и сами ещё успеем погулять в том саду».