Как известно, ещё до окончания Всеукраинского съезда советов Свердлов выезжает из Харькова. Присутствовать на учредительном конгрессе Коминтерна, который состоялся в Москве 2-6 марта, у него не получилось, но уже давно планировавшийся и неоднократно откладывавшийся очередной съезд РКП(б) пропустить не мог. Однако эта поездка оказалась последней. Я.М. Свердлов умер 16 марта 1919 года, похоронен у Кремлёвской стены в Москве.
Официальное медицинское заключение гласило:
"Яков Михайлович Свердлов заболел 7 марта, простудившись на митинге в Орле. Первые дни, хотя температура доходила временами до 40 градусов Цельсия, кроме катара верхних дыхательных путей - насморка, кашля и лёгкой ангины, - ничего не отмечалось, и общее состояние было вполне удовлетворительным, так что всё внушало надежду на то, что дело ограничится простой инфлюэнцей. Но в ночь с 10 на 11 марта температура, начавшаяся уже опускаться, вновь поднялась до 40,30о, и на следующее утро появился воспалительный фокус в правом лёгком. Начиная с этого дня, болезнь приняла очень тяжёлое течение: воспаление, быстро распространяясь, заняло всю нижнюю и часть верхней доли правого лёгкого, а затем перешло на левое лёгкое, постепенно занимая всё большую и большую поверхность. Одновременно с развитием воспаления стали быстро падать силы больного, появились бред, сопровождающийся галлюцинациями, беспокойное состояние, бессонница, и болезнь приняла форму тяжёлого геморрагического воспаления лёгких, или так называемой испанской болезни. 14 марта сердце, всё время работавшее вполне удовлетворительно, начало слабеть: пульс стал слабее и чаще, дыхание участилось, появилась синюха губ и ногтей. Пущенный в ход весь арсенал сердечных средств мало достигал цели, улучшая лишь на короткое время сердечную деятельность, и 16 марта в 4 часа 55 минут дня Яков Михайлович скончался при явлениях паралича дыхательных центров и слабости сердца.
Главный доктор Солдатёнковской больницы Ф.А. Гетье."