В 893 году скандинавы снова обрушились на Англию. Флот прославленного вождя викингов Хастинга, изгнанный из Германии королем Арнульфом, поднялся вверх по Темзе, разоряя все на своем пути. К тому времени крестник Альфреда Гутрум скончался, и скандинавы Восточной Англии, забыв про свои клятвы, присоединились к нападавшим. Борьба с ними заняла несколько лет. Эскадра Хастинга была разбита Этельредом Мерсийским у Баттингтона и вернулась в Эссекс. Тем временем другой флот нортумбрийских датчан высадился в Уэссексе, и Альфреду пришлось двинуться туда, чтобы защитить Эксетер. Часть скандинавов смогла закрепиться в Честере и весной 895-го снова напала на владения короля. Ход событий в течение следующих трех лет известен мало. Хроники говорят о многочисленных сражениях на суше и на море; похоже, война в этот период охватила почти всю Англию. Однако положение теперь было в корне иным, чем в начале скандинавских набегов. Жители уже не проявляли паники и растерянности; они чувствовали себя гражданами сильного государства, способного защитить их. Жители многих городов и деревень, включая Лондон, отважно вступали в бой с датчанами и не раз обращали их в бегство.

К лету 897 года силы захватчиков иссякли. Английская армия стояла у стен Йорка, многие морские пираты бежали в Скандинавию или искали убежища в Восточной Англии. Военные действия на суше прекратились, но на этот раз Альфред не стал заключать мир — события прошедших лет показали, что на клятвы викингов полагаться нельзя. Флот короля еще долго охотился за отдельными кораблями врагов, по очереди захватывая их и вешая команду на мачтах. Приказ об этом отдал сам король, и это было единственное известное нам проявление жестокости с его стороны. До этого он всегда миловал пленных и даже велел отослать к отцу двух сыновей Хастинга, после того как тот вероломно нарушил договор. Очевидно, теперь король решил, что только насилие может образумить пиратов, и оказался прав — вплоть до его смерти набеги не возобновлялись.

Победа досталась дорогой ценой. «Англосаксонская хроника» пишет: «Слава Богу, враг не уничтожил целиком английскую нацию, но она за эти годы оказалась ослаблена еще более мором среди скота и людей, и тогда же умерли многие из видных приближенных короля». Сам король в последние годы жизни часто болел и сделался еще более религиозным. Именно тогда он велел возобновить уплату десятины церкви, хотя страна еще не оправилась от вторжения. Неизвестна и точная дата смерти Альфреда — разные источники называют 26 октября 899 года, 26 октября 900 года или 28 октября 901 года, хотя первая дата кажется наиболее вероятной. Спустя три дня после смерти король был похоронен в Ньюминстерской церкви Винчестера. Возможно, разнобой с датами произошел из-за того, что он еще при жизни передал власть сыну Эдварду, а сам устранился от дел. Кроме Эдварда его сыновьями были Этельверд и умерший в младенчестве Эдмунд. Из дочерей Альфреда Этельфледа стала королевой Мерсии, Эльфрита вышла замуж за графа Фландрии Балдуина II, а Этельгива сделалась аббатисой Шефтсбери.