В 1969 году разразился потрясший всю страну кризис в Северной Ирландии. Жившие там протестанты и католики никогда не жили мирно, и небольшого конфликта в местном парламенте оказалось достаточно, чтобы началась настоящая война. Для наведения порядка в область были введены английские войска, которые сразу же оказались мишенью террористов. Ирландский кризис свалил первое правительство Вильсона, а потом и его преемника, консерватора Хита, при котором была расстреляна мирная демонстрация католиков в городе Лондондерри. Это довело конфликт до наивысшего накала — толпа в Дублине сожгла английское посольство, а подпольная Ирландская республиканская армия развернула кампанию террора по всей Англии. Боевики ИРА взрывали бомбы в людных местах, что вызвало настоящую панику; королева также увеличила свою охрану и до предела сократила визиты. Террор еще больше усилился, когда правительство Тэтчер объявило беспощадную войну боевикам. Самыми громкими операциями ИРА того времени стали взрыв на съезде консерваторов в Брайтоне и убийство лорда Маунтбэттена. 27 августа 1979 года дядя принца Филиппа был взорван на собственной яхте вместе со своим 14-летним внуком.

Особенно горевал о дяде Льюисе принц Уэльский — Маунтбэттен в какой-то мере заменил ему отца. Роль матери по очереди выполняли няня Мейбл Андерсон и фрейлина Сьюзен Хасси. Чувствительный и слабовольный Чарльз был чем-то похож на Эдуарда VIII — обделенный материнской лаской, он с детства нуждался в ласковом и внимательном отношении, что и сыграло роковую роль в его личной жизни. В 14 лет принца отправили в закрытый пансионат Гордонстаун, где в свое время учился и его отец. Там издевательства над ним продолжались; Чарльз каждый раз плакал, возвращаясь в школу после каникул, и в конце концов родители отправили его на полгода в Австралию. Там он набрался некоторого опыта и уверенности в себе и вернулся в Гордонстаун заметно повзрослевшим. Во время визита к папуасам принц впервые заинтересовался антропологией, которая стала его любимой наукой. Кроме этого он добился неплохих успехов в разных видах спорта, увлекался рыбалкой и много читал, но, к огорчению отца, не питал никакого интереса к технике и естественным наукам.

В 1966 году Чарльз поступил в колледж Святой Троицы в Кембридже — опять возобладало мнение матери, хотя отец предпочитал военно-морское училище. В это время его сестра Анна училась в привилегированном Беннинденском колледже. В отличие от стеснительного брата, она была до предела общительной и легко находила общий язык с одноклассниками. В детстве она терпеть не могла кукол и играла в мальчишечьи игры, часто превосходя в них брата. При сложном, взрывном характере Анна умела прекрасно ладить и с отцом, и с матерью — как Филипп, она любила технику и обожала собак и лошадей, как Елизавета. Во всех делах Анна добивалась успеха; сначала она сделала карьеру в конном спорте, потом смогла создать влиятельный «Фонд спасения детей». Но, несмотря на свои достоинства и приятную внешность, она не очень нравится публике. Особенно ее не жаловали в Америке, где она не только мало улыбалась, как и ее мать, но и грубо обращалась с репортерами.