Уолсингем, несомненно, был прельщен возможностями, открывшимися перед ним, когда через Роджерса он ознакомился с результатами работы Марникса по дешифрованию испанской корреспонденции. Поэтому он незамедлительно принял меры, чтобы обеспечить себе больший приток информации и при этом не зависеть от иностранных криптоаналитиков. С этой целью он направил в Париж одного талантливого юношу, который очень ловко расправлялся с шифрованными депешами. Это был Томас Фелиппес, первый знаменитый криптоаналитик из Англии.
В качестве курьера Уолсингема Фелиппес много путешествовал по Франции. По возвращении он стал одним из наиболее доверенных помощников Уолсингема. Фелиппес одинаково умело дешифровывал переписку на латинском, французском, итальянском и испанском языках. Единственное описание его внешности вышло из-под пера королевы Шотландии Марии Стюарт. Согласно ей, Фелиппес – блондин со светлой бородой, «низкого роста, весьма стройный, лицо изрыто оспинками, близорук, на вид ему можно дать 30 лет».
Эти нелестные замечания Марии выдают ее подозрения в отношении Фелиппеса – подозрения, которые не были безосновательными, ибо Фелиппес и его хозяин Уолсингем пристально следили за Марией по причинам, которые, в свою очередь, в равной мере являлись оправданными. Мария была бесспорной наследницей английского трона. Номинально она считалась также королевой Шотландии, хотя и была оттуда изгнана. Это была выдающаяся женщина: красивая, обладавшая даром большого личного обаяния, умевшая внушать преданность своим подданным, храбрая католичка, непоколебимо преданная своей религии, но вместе с тем неблагоразумная, упрямая, капризная. Различные католические группировки не раз замышляли возвести ее на английский трон и таким образом восстановить господство римской Церкви. Многие годы Мария прожила пленницей в английских замках, и все это время Уолсингем настойчиво искал возможность раз и навсегда покончить со смертельной угрозой, которую для королевы Елизаветы представляла Мария.
Такая возможность представилась в 1586 г. Бывший паж Марии Энтони Бабингтон приступил к подготовке заговора. Вовлеченные в заговор придворные должны были убить Елизавету, организовать широкое восстание католиков в Англии и короновать Марию. Бабингтон также заручился поддержкой Филиппа II, который обещал прислать войска на помощь, как только Елизавета будет мертва. Чтобы получить согласие Марии, Бабингтон был вынужден вступить с ней в переписку.
Эта задача была не из легких. Мария была отрезана от внешнего мира и находилась под домашним арестом в загородном поместье. Один бывший семинарист по имени Гилберт Гиффорд, которого Бабингтон завербовал в качестве посыльного, придумал способ тайной доставки корреспонденции Марии в бочонке с пивом.
В основном эта корреспонденция посылалась в зашифрованном виде. Зашифровывал письма Марии один из ее двух доверенных секретарей. Мария часто отдавала им распоряжения о внесении изменений в используемые номенклаторы для повышения их стойкости. Кроме того, чтобы обеспечить безопасность своей переписки, Мария настояла на том, чтобы все письма сочинялись в ее апартаментах, зачитывались ей перед зашифрованием и опечатывались в ее присутствии.