К середине и во второй половине XIX века в Германии отрицательная критическая мысль направилась уже по несколько иному руслу. Там возникает т. н. Ново-тюбингенская отрицательная историко-критическая школа, пытавшаяся оспорить подлинность библейских книг Ветхого и Нового Заветов и многих описываемых в них событий. Ее деятельность, на волне общего увлечения атеистическими идеями, способствовала развитию все большего негативизма в отношении христианства. Естественно, что апологеты этого времени дали соответствующий ответ на подобную литературу. Среди них можно отметить сочинения Ф. Геттингера («Апология христианства» в 2-х частях, рус. пер. изд. 1872 — 1873), И. Иерузалема («Размышление о важнейших истинах религии» в 5-ти томах, рус. пер. изд. 1806, 1817, 1831, 1833 гг. и др.), Х. Э. Лютардта («Апология христианства», рус. пер. изд. СПб. 1892).
В 19 веке в связи с появлением теории Дарвина и использованием ее атеистической пропагандой, возникает большое количество апологетических работ, посвященных данной теме. Основное внимание в них обращено на бездоказательность атеистического эволюционизма и, одновременно, на возможность и эволюционного развития мира при условии существования Бога.
В XIX веке западное богословие все сильнее оказывается в зависимости от наиболее популярных философских систем мысли: Канта, Гегеля, Шеллинга и др. Все шире распространяются рационализм, атеизм, пантеизм, различные мистические идеи и движения. Это в свою очередь обусловило интенсивное развитие апологетической деятельности. (Обширная критическая литература по данным вопросам имеется в трудах русских апологетов.)
Свой вклад в апологетику внес крупный германский философ Э. Кант. В своей «Критике чистого разума» он приходит к заключению, что существование Бога нельзя доказать рациональными способами, но также нельзя и опровергнуть. В то же время в «Критике практического разума» Кант утверждает, что принятие существования Бога является необходимым постулатом нравственного сознания человека. Нравственный аргумент («доказательство») бытия Божия быстро вошел в арсенал апологетики. Однако многие утверждения Канта, напр., отрицание промысла Бога в мире, Откровения, фактическое отождествление религии и морали и др., были неприемлемы для христианского сознания. Они, как и его критика традиционных доказательств бытия Бога, встретили сильное противодействие со стороны апологетов.
Другим крупным философом, оказавшим влияние на развитие апологетической мысли XIX века, был Гегель. В своем «панлогизме» («все есть мысль») Гегель попытался преодолеть деистическое понимание Бога и упразднить разрыв между верой и разумом. Однако в его системе живой, личный Бог растворяется и исчезает в безличном, отвлеченном философски-холодном Абсолюте, а вера подменяется диалектикой. С. Булгаков точно подметил, что для Гегеля диалектический метод, с помощью которого он пытался найти ответы на все вопросы, оказался «своего рода логической магией» [14]. Пантеизм философии Гегеля оказался благоприятной почвой для возникновения крайне рационалистических воззрений.