5 июля 1941 года его назначают начальником отдела, а впоследствии управления, которое занималось организацией партизанского движения и диверсионной работой в тылу врага. Борьба с оуновским подпольем на Украине до войны и после нее, борьба с троцкизмом в 1930–1938 годах, крупнейшие оперативно-тактические игры второй мировой войны «Монастырь» и «Березино» и, наконец, организация работы по производству атомного оружия в Советском Союзе — все это напрямую связано с именем П. А. Судоплатова. Ему приходилось несколько раз встречаться с И. В. Сталиным для обсуждения вопросов оперативно-политического характера.
И, наконец, после смерти Сталина сам Судоплатов как «пособник Берия» был арестован в 1953 году и осужден на 15 лет. Закрытый суд над ним проходил под девизом «Молчите, ни слова о Хрущеве».
Все 15 лет заключения во Владимирской тюрьме П. А. Судоплатов вел борьбу за свое освобождение и реабилитацию.
Есть от чего задуматься! Слишком трудно написать о жизни этого человека в коротком очерке. Невольно приходится выбирать — а что же основное, главное связано с жизнью и деятельностью этого человека? Задумываясь над этим периодом в истории внешней разведки в связи с именем П. А. Судоплатова, приходишь к выводу, что из всей большой событиями жизни этого человека со всей очевидностью выделяются три периода — это, во-первых, непосредственное участие в качестве нелегального сотрудника под псевдонимом Андрей в борьбе с оуновским подпольем, а в дальнейшем руководство этой работой. Во-вторых, организация и руководство партизанским движением и диверсионной работой в тылу врага и, в-третьих, контроль и оказание помощи в производстве атомного оружия в Советском Союзе.
Вопрос борьбы советской власти с украинскими националистами, с оуновским подпольем — сложная и многогранная проблема. Прежде всего, это неоднородность социальной среды. Если рядовые члены ОУНа были искренними сторонниками национальной независимости Украины, то их главари — фашистскими ставленниками, получавшими от Гитлера и моральную, и материальную поддержку.
К середине 30-х годов Москву стала очень беспокоить возросшая террористическая активность Организации украинских националистов (ОУН). Она, по сути, представляла собой военную организацию, выполняла роль спецслужбы украинского правительства в эмиграции. Эта организация была во многом укомплектована офицерами австрийской армии. Было в ней и немало немецких офицеров. Да и финансировалась ОУН из средств абвера. Ее лидер Евгений Коновалец неоднократно встречался с Гитлером. Более того, в нацистской высшей партийной школе в Берлине несколько мест было «забронировано» для членов ОУН. Штаб-квартира ОУН располагалась в Берлине под вывеской этнографического музея, а ее филиалы находились во многих европейских столицах, в США, на Дальнем Востоке.
Надо сказать, что украинские чекисты в 1921 году вышли на человека, который был оставлен Коновальцем для нелегальной работы на Украине. С его помощью в Москве решили расколоть ОУН изнутри.
Эта задача и была возложена на Андрея — Судоплатова. После непродолжительной, но очень интенсивной подготовки его нелегально перебрасывают через финскую границу и внедряют в ОУН под видом племянника лидера организации на территории СССР. Постепенно он сумел войти в доверие и к Коновальцу.