Центральное место в логике системного мышления занимают категории части и целого, принцип расщепления целого на части (анализ) и синтеза частей в целостность. Анализ – расщепляет, синтез – интегрирует, однако этого еще недостаточно для раскрытия сущности познаваемых явлений. Современное научное мышление вынуждено раздельно описывать и изучать некоторые фундаментальные стороны материального движения: устойчивость и изменчивость, строение и изменение, бытие и становление, функционирование и развитие. Именно здесь сосредоточены главные логико-математические трудности и коллизии познавательного процесса. Базовыми понятиями в данном случае являются «система», «функции», «структура», «автономность» и т.д.

Множество компонентов становятся системой в том случае, если их взаимосвязь выражается в возникновении таких свойств, которые не присущи каждому отдельному элементу, и функций, которые не могут выполняться каждым из элементов в отдельности. Компонентами же могут быть предметные связи, отношения, состояния, уровни развития и т.п. (исходные единицы, образующие систему). Чем более дифференцирующий характер носят отношения между элементами, тем органичнее система (нелинейная). Разный характер и разная степень связи элементов выражаются понятием «плотность». Таким образом, речь идет о системно-компонентном подходе. Данный подход должен перерастать в системно-структурный подход, а последний – в структурно-функциональный, т.е. система на теоретическом уровне должна рассматриваться как совокупность отношений функционирования и развития. В этом плане есть две предельно абстрактные модели: супердативное множество (целое полностью определяет свойства частей) и суммативное множество (компоненты обладают своей сущностью и не выполняют общих функций системы). Однако в реальности нет ни предельной элементарности, ни предельной целостности.

Структура развития – это совокупность законов изменения соотносящихся состояний. В любом объекте различаются саморазвитие и реальное развитие (эволюция). Ни одна система не развивается изолированно не только в силу обмена с окружающей энергией информацией (что осуществляется через компоненты), но и благодаря воздействию систем друг на друга. Основу процесса развития, т.е. саморазвитие систем (логическую систему реальности), исследует структурно-генетический анализ. Здесь исследователь отвлекается от внешних воздействий и показывает непосредственный механизм развития системы, источником которого служат ее внутренние противоречия.

Следует различать и понятия абсолютного и относительного развития (саморазвития). Об абсолютности развития можно говорить применительно к большим системам, так как у них нет ничего внешнего. Об относительности развития говорят применительно к реально существующим системам, ибо по отношению к ним существуют иные внешние системы.

Выделяют следующие этапы развития системы.

1. Предыстория новой целостности: происходит накопление «строительного материала для появления другого качества („Вещи еще нет, когда она начинается“, Г. В. Ф. Гегель).