После выхода в 1990 году "Страстей по Филонову" в журнале "Огонек" и газете "Смена" дело вроде бы сдвинулось с мертвой точки. Расследованием музейного детектива должны были заняться сразу два ведомства — ленинградское Управление КГБ и городская прокуратура, куда с официальной просьбой о расследовании решило обратиться руководство ГРМ, "желая положить конец запутанной истории с пропажей филоновских рисунков". Но внезапная смерть основных фигурантов криминальной истории и исторические катаклизмы, связанные с развалом СССР, не позволили довести расследование до конца. В итоге это дело из уголовно-процессуальной сферы переместилось в сугубо музейную — на уровень переговоров Государственного Русского музея и Музея современного искусства Центра Помпиду, где в конце 1989 — начале 1990 года состоялась большая персональная выставка Павла Филонова, открывшая миру творчество этого выдающегося художника.
Отношения ГРМ с Центром Помпиду развивались непросто. В 1985 году Русский музей написал письмо в Центр, оповестив его о филоновских двойниках. Но парижский музей долго не откликался на запросы с берегов Невы, а рисунки Филонова висели там в экспозиции. Лишь когда весной 1990 года после упомянутых публикаций факт воровства получил широкую огласку, украденные рисунки с музейной экспозиции сняли. В конце 1990 года в Ленинград приезжал директор Центра Помпиду. Он сказал, что рисунки поступили в парижский музей в 1983 году из частной парижской галереи, а увидев ленинградские двойники, изумленно воскликнул: "Конечно это фальшивки!" В принципе Центр Помпиду согласился вернуть рисунки в ГРМ. Но для этого нужно было доставить оригиналы в Ленинград, чтобы провести искусствоведческую экспертизу, когда подделки, положенные рядом с подлинниками, подобно дамам в старинном пасьянсе, откроют свое истинное лицо. Сделать это было довольно сложно. Тем не менее директор Центра Помпиду привез из Парижа в Русский музей рисунки Филонова, все восемь. Специалисты смогли воочию сравнить парижские оригиналы с двойниками из ГРМ, и тут всем все стало ясно. Краденые вещи надо было возвращать, хотя юридически решить этот вопрос оказалось непросто, потому что в судебном порядке не был установлен факт совершения преступления. Поэтому эпопея с возвращением рисунков Филонова законному владельцу затянулась на долгие десять лет. Но, к счастью, все разрешилось.
27 сентября 2000 года по решению французского правительства семь украденных из ГРМ рисунков Павла Филонова были доставлены в посольство Российской Федерации в Париже. Их принимал лично заместитель министра культуры РФ Павел Хорошилов. А 26 октября 2000 года, как сообщил официальный сайт ГРМ, в Мраморном дворце в Санкт-Петербурге состоялась "церемония возвращения семи рисунков Павла Филонова, похищенных из Русского музея путем подмены около двадцати лет назад и хранившихся до сентября 2000 года в Музее современного искусства Центра имени Жоржа Помпиду". Почему только семи — об этом ничего не говорилось. Один похищенный рисунок (пожалуй, лучший — "Пропагандист") пришлось оставить в парижском музее. На мой вопрос почему, Евгения Николаевна Петрова ответила: "Они попросили, и мы в данном случае не стали настаивать. У нас было и есть понимание того, что Филонова в мире пока мало знают, в частности потому, что его наследие находится в основном в одном месте. А наличие в таком крупном музее, как Центр Помпиду, хотя бы одной работы художника, будет его пропагандировать. Тем более, что "Пропагандист" — один из лучших рисунков Филонова, очень важный рисунок. И потом, они все-таки шли нам навстречу, и оставить им хотя бы один рисунок было бы справедливо. Длительность же процесса возврата была обусловлена формальностями, которые они не могли быстро решить".