Ходили слухи о том, что Малколм Икс был убит китайскими наркобаронами, которые несли ощутимые потери от его кампаний против наркомании в городских гетто. (Кстати, известно, что и юности Малколм сам торговал наркотиками и даже воровал.) Побыли люди, которые считали, что убийство Малколма Икса организовали члены NOI, поскольку он намеревался раскрыть информацию о получении группировкой денег от Американской нацистской партии и Ку-клукс-клана (на том основании, что NOI, нацисты и ККК разделяли идеи о расовой сегрегации).
Талмадж Хайер никогда не отрицал того, что он нажал на спусковой крючок. Он был членом «Нации ислама», и самая популярная версия рассматривает убийство Малколма Икса как акт возмездия. Малколм основал Организацию афро-американского единства после ухода из «Нации ислама» из-за разногласий с ее лидерами. Кроме того, он публично высказал предположение о наличии у лидера NOI, Элайджи Муххамеда, множества внебрачных детей. Утверждают, что Муххамед, приведенный в бешенство как данным заявлением, так и дезертирством Малколма, в 1964 году заявил: «Настало время закрыть глаза этому ниггеру».
Столь же разгневан был и бывший сторонник Малколма Луис Фаррахан, назвавший Малколма предателем и спустя два месяца после убийства написавший: «Человек, подобный этому, заслуживает смерти». Майкл Френдли в своей работе «Малколм Икс: убийство» обратил внимание на высокую долю вероятности того, что выстрелы были делом рук своих, указав на то, что в недели, предшествовавшие убийству, было совершено четыре попытки лишить Малколма жизни. Вдова Малколма, Бетти Шабазз, публично обвинила Фаррахана в причастности к убийству. Имелись серьезные подозрения, что старшая дочь Малколма, Кубила, попыталась нанять профессионального убийцу — который оказался доносчиком ФБР — для того чтобы убить Фаррахана в 1994 году.
В 2000 году Фаррахан, который к тому времени уже несколько лет возглавлял NOI, признался CBS News и младшей дочери Малколма Икса Аталле Шабазз, что сожалеет о своих словах, которые, возможно, стали причиной смерти человека. Аталла заявила, что все еще верит, что к смерти Малколма причастно ФБР, даже если убийцей и являлся темнокожий молодой человек. Как бы то ни было, некоторые теоретики продолжают полагать, что Фаррахан был непосредственно замешан в этом событии. Но, разумеется, это не исключает возможность того, что правительственные агентства также сыграли здесь свою роль. ФБР все еще отказывается рассекретить 45 000 документов из дела Малколма Икса.
В декабре 2007 года Томас Джонсон (с тех пор взявший себе имя Халил Ислам) подлил масла в огонь теории заговора, когда заявил в интервью газете The Voice, что за тем выстрелом не стояли ни Фаррахан, ни Элайджа Муххамед. Он сказал, что именно Талмадж Хайер возглавлял четверых «известных преступников» — «братьев», действовавших в приступе «зависти и ненависти» — чувств, которые в то время терзали братство. ФБР не было причастно к убийству, но Джонсон был вовремя выведен из игры по причине своего старшинства в братстве и из-за «угрозы», которую он представлял в качестве возможного преемника Малколма Икса. Несмотря на показания свидетелей, что Джонсон в день убийства оставался дома из-за болезни, на описания убийцы с дробовиком как темнокожего и с бородой (Джонсон не подходит ни под одно из описаний), на тот факт, что он прошел тест на детекторе лжи, на заявления Хайера под присягой, в которых он назвал имена четырех своих сообщников, ни один из которых не был Джонсоном или Батлером, — Джонсон провел 22 года в тюрьме за убийство Малколма Икса.