В связи с вторжением армии Суворова в Северную Италию большая часть французских войск во главе с генералом Миолисом отправилась из Неаполя на север.

4 (15) мая Сорокин направился к Барлетте, где, «приведя жителей города и окрестностей в послушание», оставил фрегат «Григорий Великия Армении», а сам двинулся к Марфедонии, куда и прибыл 8 (19) мая.

В Барлетте был сформирован десантный отряд под командованием капитан-лейтенантаГ.Г. Белле. Он состоял из 481 русского моряка и 30 неаполитанских моряков с фрегата «Фортуна» при шести полевых пушках. Вскоре десантный отряд соединился с воинством кардинала Руффо. Как уже говорилось, французов в Южной Италии осталось очень мало, а части из неаполитанских республиканцев были малобоеспособны.

В итоге крепости Партенопейской республики пали одна за другой. Сначала капитулировала крепость Кастелламаре, потом два замка – Кастель д’Уово и Кастель Нуово, где находились французы и наиболее скомпрометированные республиканцы Неаполя. По условиям этих «капитуляций» кардинал Руффо обязывался разрешить французским гарнизонам укреплений выйти из замков с военными почестями, с оружием и военным имуществом, с развернутыми знаменами, с двумя заряженными пушками. Все итальянские республиканцы, укрывшиеся в замках, как мужчины, так и женщины, точно так же получали гарантию личной безопасности, и им предоставлялся свободный выбор: либо вместе с французским войском перейти на корабли, которые их доставят в Тулон, либо остаться в Неаполе, причем им гарантировалось, что ни они, ни их семьи не подвергнутся никакому насилию. Этот документ был подписан французами 10 (21) июня, кардиналом Руффо и представителями Ушакова и Кадыр-бея 11 (22) июня 1799 г., а 12 (23) июня он был подписан представителем Нельсона капитаном Футом.

3 июня отряд Белли вместе с войском Руффо вошел в Неаполь. Через 10 дней туда заявился и Нельсон, разумеется, вместе с четой Гамильтонов. Нельсон сразу же объявил, что он не признает подписанной русскими и его же представителем Футом капитуляции. Даже кардинал Руффо был возмущен этим и заявил, что ни он, ни его войско не будут участвовать во враждебных действиях против французов.

Понадеявшиеся на честное выполнение условий капитуляции, французы и неаполитанские республиканцы вышли из укрепленных замков. Кое-кто из них успел даже пересесть на транспорты, которые отходили в Тулон. Но транспорты были остановлены по приказу Нельсона, и все были арестованы. Целую неделю в Неаполе и других городах королевства продолжались дикие расправы над французами и республиканцами. Погибли не менее 5 тысяч человек.

В июне 1799 г. Нельсон сообщил Ушакову о проходе через Гибралтар соединенного французского флота. Не полагаясь особо на англичан, Федор Федорович решил собрать всю эскадру. Соответственно Пустошин и Сорокин получили приказ следовать на Корфу.

25 июля, оставив на Корфу два русских корабля, трофейный французский корабль «Леандр» и русскую шебеку «Макарий», соединенная русско-турецкая эскадра адмирала Ушакова в составе 10 кораблей, 7 фрегатов и 5 мелких судов снялась с якоря и направилась в Мессину для совместных действий с английской эскадрой адмирала Нельсона против французского флота. 3 (14) августа эскадра пришла в Мессину, и там выяснилось, что никакого франко-испанского флота нет и в помине.