Часть кораблей после выполненной боевой службы готовилась к возвращению. БПК «Проворный» возвращался в Севастополь после четырехмесячной боевой службы, но уже в Дарданеллах был получен приказ, и корабль вернулся в Эгейское море. Там командир капитан 3 ранга В.И. Мотин объявил, что по приказу Министерства обороны СССР корабль переводится в полную боевую готовность в связи с началом арабо-израильской войны.
В ночь на 3 октября в Средиземноморье, маскируясь за многочисленными торговыми судами, поэшелонно форсировав Гибралтарский пролив, прибыла 69-я бригада подводных лодок – 10 лодок, в основном проекта 641 (в том числе Б-440, Б-130, Б-409, Б-41, Б-105), плавбаза «Федор Видяев» и два резервных экипажа под командованием капитана 1 ранга И.Н. Паргамона. Они вышли на первую боевую службу сроком на 12 месяцев и должны были заменить находящиеся там подводные лодки. Однако из-за повышения боевой готовности никакой замены не произошло, и эти корабли влились в состав 5-й эскадры.
Когда командующий эскадрой вице-адмирал Е.И. Волобуев узнал о предстоящем начале войны, он в 1 ч. 00 мин. 4 октября приказал начать передислокацию сил эскадры к египетскому и сирийскому побережьям.
На 6 октября в Средиземноморье имелось 48 американских военных кораблей. Они включали в себя флагманское судно десантный корабль «Маунт Уитни» LCC 20 (в море к югу от острова Крит), четыре атомные подводные лодки (находились на патрулировании в Средиземноморье), а также авианосные и десантные соединения. Группа TG 60.1, состоявшая из авианосца «Индепенденс» (CVA 62) и кораблей охранения, находилась в Афинах. Группа TG 60.2, состоявшая из авианосца «Франклин Д. Рузвельт» (CVA 42) и кораблей охранения, находилась в различных испанских портах. Кроме того, на Средиземном море находилась группа TF 61 – десантное соединение в составе авианосца «Гуадалканал» (LPH 7) и девяти десантных судов, имевших на борту батальон морских пехотинцев (приблизительно 3000 человек).
6 октября из Египта была проведена эвакуация гражданских специалистов, в которой приняли участие несколько судов, в том числе эсминец «Напористый». Из Сирии наши специалисты были эвакуированы в последний момент, сторожевой корабль «Куница» вышел из порта в 17 ч. 45 мин. с семьями наших специалистов, а в 23 ч. 30 мин. израильтяне произвели налет на Латакию.
Операция по вывозу советских граждан прошла эффективно, но эвакуация несколько ослабляла готовность кораблей 5-й эскадры, капитаны стремились скорее освободиться от пассажиров, которые мешали подготовке к боевым действиям.
7 октября ударная группа TG 60.1 с авианосцем «Индепенденс» покинула Афины и направилась в район к югу от острова Крит, за ними следовал советский эсминец.
Ударная группа с авианосцем «Индепенденс» соединилась с отрядом кораблей, включавшим флагманское судно «Маунт Уитни», к югу от острова Крит, в то время как десантная группа TF 61 находилась в заливе Суза (на северном побережье острова Крит), где и стояла на якоре до 25 октября.
С объявлением повышенной боевой готовности на Черноморском флоте находившиеся в Черном и Средиземном морях корабли 30-й дивизии надводных кораблей Черноморского флота выполнили положенные мероприятия по установлению готовности.