Доставив письмо Филлмора, Перри покинул залив Эдо с обещанием вернуться на следующий год. Его ви-зит поставил сёгунат в весьма затруднительное положение. Сёгунат мог отклонить требование американцев о заключении договора, но только рискуя вступить в прямое военное противостояние. Перспектива сражения с американским флотом выглядела крайне непривлекательно, учитывая подавляющую огневую мощь маленькой эскадры Перри. Но альтернатива выглядела ничуть не лучше. Как мог сёгунат резко отказаться от «древней» политики самоизоляции, не признавшись открыто в своей военной слабости? Сёгунат столкнулся с этой дилеммой в особенно трудный момент, поскольку правящий сёгун, Токугава Иэёси (1793–1853), находился при смерти и не мог лично справиться с кризисом. Эта задача легла на плечи Абэ Масахиро, даймё Фукуяма и председателя совета старейшин сёгуната. Столкнувшись с двумя одинаково неприемлемыми альтернативами, Абэ решил посоветоваться с другими даймё. Это было разумное решение: поскольку тяжесть мобилизации войск легла бы в основном на плечи даймё, Абэ, вполне обоснованно, требовалось услышать их мнение. Абэ также чувствовал, что любое решение встретит самое ожесточенное сопротивление, и он хотел создать для себя политическое прикрытие. Однако, несмотря на всю свою практичность и разумность, решение проконсультироваться с даймё являлось беспрецедентным. Правительство сёгуна, которое традиционно командовало даймё во время войны, теперь спрашивало мнение этих людей по вопросу, связанному с национальной безопасностью. Что хуже, даймё не дали Абэ четкого совета. Из сохранившихся записей нам известно, что большинство высказались за противоречивые цели, состоявшие в том, чтобы отказаться от заключения договора и в то же время избежать вооруженного конфликта. Единственный консенсус был достигнут в негативном отношении к войне, к которой большинство дайме были не готовы. В свете этого нежелания сражаться Абэ решил, по возвращении Перри, подписать договор, ограничив его, насколько это будет возможно.

Однако, когда 16/1/1854 (13 февраля) Перри вернулся, он повысил ставку. Его флот увеличился по сравнению с предыдущим годом, и в нем теперь насчитывалось три парохода («Паухэтан», «Саскуэханна» и «Миссисипи») и четыре парусных судна. Сёгунат ожидал, что Перри остановится в Урага, маленьком порту у входа в залив Эдо, где он стоял на якоре в 1853 году. Однако корабли Перри миновали Урага и направились прямо к замку Эдо. Сёгунат отчаянно пытался остановить его, но коммодор, так же как и в 1853-м, использовал ненасильственное устрашение. Уверенный в военном превосходстве своего флота, он проигнорировал требования сёгуната и бросил якорь у деревушки Йокохама. Предприняв несколько бесплодных попыток вернуть Перри в Урага, японские чиновники смирились и 10/2/1854 начали с ним официальные переговоры. Агрессивное, но ненасильственное прибытие Перри определило тон этих переговоров. Сёгунат согласился подписать основной договор, позволяющий американским кораблям пополнять запасы топлива и продовольствия, но надеялся уклониться от заключения каких либо соглашений в области торговли. Перри, со своей стороны, был преисполнен решимости заключить торговый договор. В конце концов обе стороны пришли к компромиссу: сёгунат открыл для американских кораблей отдаленные порты Хакодатэ и Симода и согласился принять американского консула для ведения дальнейших переговоров, в то время как Перри отказался от своих требований об установлении полномасштабных торговых связей. Договор был подписан 31 марта (3/3/1854), за два дня до того, как Сайго увидел флот Перри. Сёгунат сумел пережить серьезный кризис. Но ущерб, нанесенный режиму, имел долговременное воздействие. Верховный военный правитель Японии сдался американцам без единого выстрела.